建设单位与承包单位协商确定工程价款是有效的。这一结论可以从以下几个方面进行阐述：

1. 合同自由原则：

   • 在建设工程领域，建设单位（通常称为发包人）与承包单位（通常称为承包人）之间签订的建设工程施工合同，是基于双方真实意思表示而成立的。
   • 根据合同自由原则，双方有权就工程价款这一合同核心条款进行协商，并达成一致。

2. 法律法规支持：

   • 《中华人民共和国民法典》及相关建设工程法律法规均未禁止建设单位与承包单位协商确定工程价款。
   • 相反，这些法律法规鼓励双方通过平等协商，明确各自的权利和义务，包括工程价款的确定方式。

3. 实践中的做法：

   • 在实际工程建设中，建设单位与承包单位通常会根据工程规模、难易程度、市场行情等因素，通过协商确定一个双方都能接受的工程价款。
   • 这种协商过程往往涉及多次谈判和磋商，最终达成的价款是双方意愿的体现。

4. 法律效力：

   • 一旦双方就工程价款协商一致，并签订书面合同，该合同即具有法律效力。
   • 双方均应按照合同约定履行各自的义务，包括按时支付工程价款和完成工程施工等。

综上所述，建设单位与承包单位协商确定工程价款是有效的，且这种做法符合合同自由原则、法律法规要求以及实践中的通常做法。如果双方在协商过程中或合同履行过程中发生争议，可以寻求法律途径解决。如果你在这方面有任何具体问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。