结论前置：运输公司因您开车不小心损坏车辆而扣钱是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及是否违反公司规章制度、是否构成故意或重大过失以及劳动合同或公司规章的具体规定。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度与劳动合同的约定
- 合法情况：如果运输公司的规章制度中明确规定了员工因操作不当造成车辆损坏需承担赔偿责任，且该规章制度已经向您公示或告知，同时您的劳动合同中也有相关约定，那么公司根据这些规定扣钱可能是合法的。这是因为您与公司之间存在劳动关系，双方应当遵守劳动合同的约定以及公司依法制定的规章制度。
- 不合法情况：如果公司规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定本身不合法（如违反法律法规的强制性规定），那么公司扣钱就可能缺乏合法依据。
是否构成故意或重大过失
- 合法情况：如果您在驾驶过程中存在故意或重大过失导致车辆损坏，如酒驾、超速、违规操作等，且这些行为违反了公司规章制度或劳动合同的约定，那么公司有权要求您承担相应的赔偿责任，包括扣钱。这是因为您的行为给公司造成了经济损失，公司有权根据法律规定和合同约定追究您的责任。
- 不合法情况：如果您只是因一般过失或疏忽导致车辆损坏，且没有违反公司规章制度或劳动合同的约定，那么公司扣钱就可能缺乏合理性。在这种情况下，公司应当通过培训、教育等方式提高您的安全意识，而不是直接扣钱。
扣钱的数额与方式
- 合法情况：即使公司有权扣钱，扣钱的数额也应当合理，不能超过您因过错给公司造成的实际损失。同时，公司应当采取合法的方式扣钱，如从工资中扣除时应当符合《工资支付暂行规定》等相关法律法规的规定，不能随意扣减或拖欠工资。
- 不合法情况：如果公司扣钱的数额过高或方式不合法，如一次性扣完您当月的全部工资或采取其他非法手段扣钱，那么您有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
法律建议：
- 如果您认为公司扣钱不合法或不合理，可以先与公司协商解决，要求公司出示相关规章制度和劳动合同条款，并说明扣钱的依据和数额。
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司撤销不合理的扣钱决定并赔偿您的损失。
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如工资条、扣钱通知、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
可能法律后果：
- 如果公司扣钱行为被认定为违法或不合理，公司可能需要承担返还扣钱、赔偿损失等法律责任。
- 如果您因公司扣钱行为而提起劳动仲裁或诉讼，且最终胜诉，您还可以要求公司承担您因维权而产生的合理费用，如律师费、诉讼费等。