用人单位偷偷删除电子合同的行为，在多数情况下是违法的，具体分析如下：
从合同效力与保存义务角度：
- 电子合同与纸质合同具有同等的法律效力，一旦双方达成合意并签署，即对双方产生约束力。用人单位作为合同的一方，有义务妥善保存合同文本，以备查验和履行合同义务。偷偷删除电子合同，可能构成对合同保存义务的违反，影响合同的正常履行和证据的留存。
从证据规则角度：
- 在劳动争议或合同纠纷中，合同文本是重要的证据之一。用人单位偷偷删除电子合同，可能意图毁灭证据，逃避法律责任。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关证据规则，用人单位有义务提供与争议事项有关的证据，无法提供的，可能承担不利后果。因此，偷偷删除电子合同可能被视为妨碍证据收集的行为，面临法律制裁。
从劳动者权益保护角度：
- 劳动者在劳动关系中处于相对弱势地位，其合法权益容易受到侵害。电子合同作为劳动者权益的重要保障，一旦被用人单位偷偷删除，劳动者可能面临维权困难。例如，在劳动争议中，劳动者可能因无法提供合同文本而难以证明自己的权益，从而遭受损失。因此，用人单位偷偷删除电子合同的行为，也侵犯了劳动者的合法权益。
法律建议：
- 对于劳动者：若发现用人单位偷偷删除电子合同，应立即采取措施保留证据，如截图、录音录像等，并及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应严格遵守法律法规，妥善保存合同文本，不得擅自删除或篡改。若因管理不善导致合同丢失或损坏，应及时与劳动者协商补签或采取其他补救措施，以避免法律纠纷。
可能的法律后果：
- 用人单位偷偷删除电子合同的行为，若构成违法，可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。同时，在劳动争议或合同纠纷中，用人单位可能因无法提供合同文本而承担不利后果，如支付赔偿金、继续履行合同等。
总结：用人单位偷偷删除电子合同的行为在多数情况下是违法的，不仅违反了合同保存义务和证据规则，还侵犯了劳动者的合法权益。因此，建议用人单位严格遵守法律法规，妥善保存合同文本；劳动者若发现此类行为，应及时采取措施维护自己的权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。