关于民间借贷中申请返还超额部分利息的时效性认定，这是一个涉及法律规定和实际操作的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于请求返还超额利息的情形。也就是说，自债务人知道或者应当知道其权利受到损害，以及明确知道义务人为何人之日起，三年内需要提起诉讼或采取其他合法措施来主张返还超额利息。
二、诉讼时效的起算时间
诉讼时效的起算通常从债务人明确知晓利息支付超出法定或约定上限，并且知道债权人为超额收取的主体时开始计算。如果债权人存在隐瞒或欺诈等行为，导致债务人难以发现其权利被侵害，那么起算时间可能会根据具体证据和案件事实进行相应调整。
此外，还有一个二十年的最长保护期限。自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院将不予保护。但在特殊情况下，如因不可抗力或其他正当理由导致权利人无法行使权利，法院可能会根据申请延长诉讼时效。
三、时效中断与中止的情形
在诉讼时效期间内，如果发生以下情形，可以导致诉讼时效中断并重新计算：
另外，在诉讼时效最后六个月内，如果因不可抗力、无民事行为能力人无法定代理人等障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。障碍消除后满六个月，诉讼时效期间届满。
四、超额利息的合法性及返还实践
需要注意的是，民间借贷的利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。超出部分的利息，法律是不予保护的。对于已经支付的超额利息，原则上不能直接要求退还，因为这属于债务人自愿支付。但如果双方能够达成新的协议，或者出借人自愿退还，那么也可以实现超额利息的返还。
综合建议
对于借款人来说，一旦发现支付了超额利息，应尽快咨询专业律师，评估自身权益，并在诉讼时效期间内采取有效措施来维护自己的合法权益。同时，出借人也应遵守相关法律规定，合理设定利率，以避免引发不必要的法律纠纷。