在民间借贷中，如果借款人已经偿还了部分款项，诉讼时效的计算会根据剩余未偿还的债务以及相关的法律规定来确定。

一. 诉讼时效的一般规定

根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于民间借贷纠纷。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

二. 部分还款后的诉讼时效计算

1. 剩余债务的确定：当借款人偿还部分款项后，出借人与借款人之间仍然存在债权债务关系，只是债务数额发生了变化。此时，诉讼时效的计算应基于剩余未偿还的债务。

2. 诉讼时效的起算点：

   • 如果借款合同或还款协议中明确约定了剩余债务的还款期限，那么诉讼时效从该还款期限届满之日起计算三年。
   • 如果借款合同或还款协议中没有明确约定剩余债务的还款期限，出借人可以随时要求借款人还款，但要给予借款人一定合理的准备时间。在这个合理准备时间届满后，若借款人仍未还款，则开始计算诉讼时效。

三. 诉讼时效中断的情况

在诉讼时效期间内，若出借人向借款人提出履行请求，或者借款人同意履行剩余债务，或者出借人提起诉讼或申请仲裁等，都会导致诉讼时效的中断。从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。

我的观点：在民间借贷过程中，如果借款人已经偿还了部分款项，出借人应密切关注剩余债务的还款情况，并在必要时采取法律手段维护自身权益。特别是在借款人未按约偿还剩余债务时，出借人应积极行使权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。如有进一步需要，您可以继续咨询我。