虚开免税发票40万元的处罚需根据具体情节判断，可能涉及行政处罚或刑事处罚，具体如下：

1. 行政处罚（情节较轻未达刑事立案标准时）
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，虚开发票（包括免税发票）的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款。
   若虚开40万元免税发票的行为未达到刑事立案标准（如未造成国家税款损失、无其他严重情节），税务机关将按上述规定进行行政处罚，罚款幅度通常在5万至50万元之间，具体金额需结合虚开目的、手段等情节综合判定。

2. 刑事处罚（情节严重构成犯罪时）
   根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开发票罪的立案标准为虚开发票金额40万元以上或虚开发票100份以上且面额30万元以上。若虚开40万元免税发票的行为同时满足以下条件，可能构成刑事犯罪：

   • 主观故意：存在骗取税款、牟取非法利益等目的；
     
   • 客观行为：通过伪造、变造、非法购买等手段虚开发票；
     
   • 社会危害性：造成国家税款损失或扰乱税收征管秩序。
     刑事处罚为二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的（如虚开金额巨大、多次虚开等），处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

关键提示：

• 免税发票虽不直接涉及增值税抵扣，但虚开行为仍可能通过虚构交易、套取财政补贴等方式损害国家利益，因此被法律严格禁止。
  
• 实际处罚需结合虚开目的、是否造成税款损失、是否存在其他违法情节（如伪造公章、串通作弊等）综合判定。若您或他人涉及此类问题，建议立即停止行为并主动向税务机关说明情况，争取从轻处理。
  

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