在合同纠纷案件中，如果全部合同被对方销毁，且没有其他直接证据，法官认定事实会面临较大挑战，但并非无法可循。以下是我根据专业知识和经验，为你详细解析法官在此类情况下可能采取的认定方法：

一、核心结论：

法官在缺乏直接合同证据的情况下，会综合考虑间接证据、交易习惯、当事人陈述及举证责任等因素来认定事实。

二、详细分析：

1. 间接证据：

   • 法官会寻找与合同存在、内容及履行情况相关的间接证据，如电子邮件、聊天记录、转账记录、发票、收据等。这些证据虽非直接合同文本，但能在一定程度上证明合同关系的存在及履行情况。

2. 交易习惯：

   • 在长期合作或特定行业中，可能存在固定的交易习惯或惯例。法官会考虑这些习惯或惯例，结合当事人之间的历史交易情况，来推断合同的具体内容。

3. 当事人陈述：

   • 当事人的陈述也是法官认定事实的重要依据。法官会仔细审查双方当事人的陈述，并结合其他证据，判断其真实性和可信度。

4. 举证责任：

   • 在合同纠纷中，通常遵循“谁主张谁举证”的原则。如果一方主张合同存在及具体内容，但无法提供直接证据，那么其举证责任会相对较重。法官会根据举证责任分配原则，综合评估双方当事人的证据和陈述，作出事实认定。

5. 法律推定与解释：

   • 在某些情况下，法官可能会根据法律规定或司法解释，对合同的存在、内容及履行情况进行推定或解释。这种推定或解释通常基于公平、正义及保护弱势群体等原则。

6. 专家意见与鉴定：

   • 如果涉及专业性问题或争议较大，法官可能会邀请专家提供意见或进行鉴定。这些专家意见或鉴定结果对于法官认定事实具有重要参考价值。

三、总结与建议：

虽然全部合同被销毁且没有其他直接证据，但法官仍可通过间接证据、交易习惯、当事人陈述及举证责任等多种方式来认定事实。因此，在面临此类情况时，建议当事人积极收集并整理相关证据，详细陈述事实经过，并积极配合法官的调查和询问。同时，也可考虑寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。