若政府因防控布病等公共卫生原因需要扑杀农户的羊，而农户不同意，农户可以采取以下措施来维护自身权益，但同时也需理解并配合政府的公共卫生管理职责：
一、理解政府的扑杀决定
公共卫生管理职责：政府在面临布病等严重威胁公共卫生的疫情时，有权根据相关法律法规采取必要的防控措施，包括扑杀染疫或疑似染疫的动物，以防止疫情扩散，保护公众健康。这是政府履行公共卫生管理职责的重要体现。
法律依据：政府扑杀染疫或疑似染疫动物的行为，通常依据《中华人民共和国动物防疫法》等相关法律法规进行。这些法律法规明确了政府在动物疫情防控中的职责和权力，以及扑杀染疫动物的程序和要求。
二、农户的权益与应对措施
了解扑杀决定的合法性：
- 农户有权要求政府出示扑杀决定的法律依据和程序文件，确认扑杀决定是否合法合规。
- 若政府无法提供合法依据或程序存在瑕疵，农户可以依法提出异议，并要求政府重新审视扑杀决定。
要求合理补偿：
- 根据相关法律法规，政府因公共卫生需要扑杀农户的羊时，应当给予农户合理的经济补偿。补偿标准通常根据羊的市场价值、养殖成本等因素确定。
- 农户有权要求政府按照法定标准进行补偿，并可以就补偿金额与政府进行协商。若协商不成，农户可以通过法律途径维护自身权益。
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 若农户认为政府的扑杀决定侵犯了其合法权益，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 行政复议是农户向上一级行政机关申请对原行政行为进行审查的一种制度。若农户对复议结果不满，还可以进一步提起行政诉讼。
- 行政诉讼是农户通过法院对政府行政行为进行司法审查的一种途径。在诉讼过程中，农户需要提供充分的证据证明政府的扑杀决定违法或不当。
三、配合政府工作与寻求法律援助
配合政府工作：
- 在理解政府扑杀决定的合法性和必要性的基础上，农户应积极配合政府的工作，按照政府的要求进行羊的扑杀和处理。
- 农户可以要求政府在扑杀过程中采取必要的防护措施，确保扑杀过程的安全和卫生。
寻求法律援助：
- 若农户在维护自身权益过程中遇到法律难题或需要法律帮助，可以寻求专业律师的法律援助。
- 律师可以为农户提供法律咨询、代理诉讼等法律服务，帮助农户更好地维护自身权益。
行动建议：
- 首先，与政府相关部门进行沟通，了解扑杀决定的法律依据和补偿标准。
- 其次，若对扑杀决定或补偿标准有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 最后，在维护自身权益的同时，积极配合政府的工作，共同应对公共卫生挑战。
农户在面对政府扑杀决定时，应保持冷静和理性，通过合法途径维护自身权益。同时，也应理解并配合政府的公共卫生管理职责，共同维护社会公共利益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。