核心结论：灌溉渠被侵占覆盖，可通过协商、行政投诉、民事诉讼等途径解决，具体如下：

1. 协商解决
   • 前提与操作：若侵占覆盖灌溉渠的行为人较为明确，且侵权情节相对轻微，例如只是少量堆放杂物等，可先尝试与行为人进行友好协商。向其说明灌溉渠对于农业生产、周边生态环境等的重要性，要求其自行清除侵占覆盖的物品，恢复灌溉渠的原状。这种方式成本较低，效率较高，若能成功解决，可避免后续可能产生的复杂法律程序。
   • 法律依据：根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。侵占灌溉渠影响了相邻权利人的正常用水等权益，行为人应当承担排除妨碍等责任。
2. 行政投诉
   • 前提与操作：当协商无果，或者侵占覆盖行为较为严重，涉及到公共利益时，可以向相关的行政主管部门进行投诉。灌溉渠的管理可能涉及水利部门、农业农村部门等，具体需根据当地的管理职责划分来确定投诉对象。向这些部门详细说明灌溉渠被侵占覆盖的情况，包括时间、地点、侵占的方式和程度等，要求行政部门依法履行职责，对侵占行为进行查处，责令行为人恢复灌溉渠的原状。
   • 法律依据：相关行政主管部门具有对水资源、水利设施等进行管理和保护的法定职责。例如《中华人民共和国水法》规定，县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，核定该水域的纳污能力，向环境保护行政主管部门提出该水域的限制排污总量意见。同时，对于侵占、毁坏水工程及堤防、护岸等有关设施，毁坏防汛、水文监测、水文地质监测设施等行为，也有相应的处罚规定。
3. 民事诉讼
   • 前提与操作：如果通过协商和行政投诉都无法解决问题，且灌溉渠的被侵占覆盖给自己造成了实际的损失，如农作物因缺水减产等，可以考虑向人民法院提起民事诉讼。在诉讼中，需要收集相关的证据，如灌溉渠被侵占覆盖前后的照片、视频，因缺水导致农作物损失的评估报告等，以证明行为人的侵权行为以及自己遭受的损失。要求行为人停止侵害、排除妨碍、恢复原状，并赔偿相应的损失。
   • 法律依据：《民法典》侵权责任编规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以依法请求损害赔偿，也可以依法请求承担其他民事责任。

在处理灌溉渠被侵占覆盖的问题时，要根据具体情况选择合适的方式，必要时可以综合运用多种途径来维护自己的合法权益。若你还有其他关于此类法律问题的疑问，可直接向我咨询。