结论：车主与受害人签订的协议是否有效，需根据协议内容、签订时的真实意思表示以及是否违反法律法规的强制性规定等因素综合判断。若协议内容合法且双方真实意思表示一致，即使事故认定书下来车主不是全责，协议仍可能有效；但若协议内容违法或存在欺诈、胁迫等情形，则协议可能无效或可撤销。

详细分析：

1. 协议效力的基本判断：

   • 协议的有效性首先取决于其内容是否合法，即是否违反了法律法规的强制性规定。若协议内容合法，且双方在签订时均出于真实意思表示，无欺诈、胁迫等情形，则协议原则上有效。
   • 在交通事故中，车主与受害人签订的协议，若涉及赔偿、责任分担等事项，只要不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿签订，即具有法律效力。

2. 事故认定书与协议效力的关系：

   • 事故认定书是交警部门根据事故现场勘查、调查取证等程序作出的，对事故责任进行认定的法律文书。它具有一定的权威性和证据效力，但并非决定协议效力的唯一因素。
   • 若车主在签订协议时，基于错误的认识或误解，认为自己是全责而与受害人签订了全责协议，但事故认定书下来后车主并非全责，这并不意味着协议自动无效。此时，需进一步分析协议内容、签订时的真实意思表示以及是否存在欺诈、胁迫等情形。

3. 协议可能无效或可撤销的情形：

   • 欺诈：若车主在签订协议时，故意隐瞒或歪曲事实，使受害人基于错误的认识而签订协议，则受害人有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。
   • 胁迫：若车主以威胁、恐吓等手段迫使受害人签订协议，则受害人同样有权请求撤销该协议。
   • 违反法律法规的强制性规定：若协议内容违反了法律法规的强制性规定，如赔偿金额明显低于法定标准等，则协议可能被认定为无效。

4. 建议与措施：

   • 对于车主而言，若事故认定书下来后发现自己并非全责，而之前已与受害人签订了全责协议，建议及时与受害人沟通协商，根据实际情况调整协议内容或达成新的协议。
   • 若双方无法协商一致，或受害人拒绝调整协议内容，车主可考虑通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
   • 在签订任何协议前，建议双方均应充分了解事故情况、法律法规以及各自的权利义务，确保协议内容合法、合理且双方真实意思表示一致。

后续行动建议：

• 若您作为车主或受害人，在签订交通事故赔偿协议后遇到类似问题，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。
• 在处理交通事故赔偿事宜时，务必保留好相关证据材料，如事故认定书、医疗记录、费用单据等，以便在需要时提供证明。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。