交通事故后不是当事人来确定赔偿协议，而是由车主来确定，这样的赔偿协议在符合一定条件下是具有法律效力的。以下是对此问题的详细分析：
有效条件
车主具备民事行为能力：
- 车主作为签订赔偿协议的一方，必须具备完全民事行为能力，即能够理解协议内容、预见行为后果，并独立进行民事活动。如果车主是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且未经其法定代理人同意或追认，则协议无效。
车主意思表示真实：
- 车主在签订协议时，必须基于自己的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。这要求车主在协商过程中充分了解事故情况、责任划分及赔偿金额，并自愿签字确认。
协议内容合法合规：
- 协议内容必须符合法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。赔偿项目和标准应在法律允许的范围内，不能约定违法内容，如以违禁品抵债等。
实际履行或接受履行：
- 双方已经按照协议实际履行，或者至少有一方已经按协议履行了主要义务，并且对方接受。这是协议有效性的重要体现。例如，车主已经按照协议支付了赔偿金，且当事人接受了该赔偿。
特殊情形下的效力认定
车主代签协议的合法性：
- 如果车主是事故车辆的所有人，且事故发生时由车主指定的驾驶员驾驶，那么车主在事故后代表驾驶员与当事人签订赔偿协议，通常是被认可的。但前提是车主必须得到驾驶员的明确授权，或者驾驶员事后对协议内容进行了追认。
协议可能无效或可撤销的情形：
- 重大误解：如果当事人对协议的重要内容存在错误认识，且这种错误认识对其造成了重大损失，那么该当事人可以请求人民法院或仲裁机构撤销协议。例如，当事人误以为车主是事故的全部责任方，而实际上驾驶员也有责任，且车主在协议中未明确这一点，导致当事人接受了不合理的赔偿金额。
- 显失公平：如果协议明显对一方有利，而对另一方有重大不利，导致双方权利义务严重失衡，那么受损方可以请求撤销协议。特别是在一方处于危困状态或缺乏判断能力时签订的协议，更容易被视为显失公平。
- 欺诈、胁迫：如果车主以欺诈、胁迫的手段使当事人在违背真实意思的情况下签订协议，那么当事人有权请求人民法院或仲裁机构撤销协议。
实际建议
审慎签订协议：
- 在签订赔偿协议前，双方应充分了解事故情况、责任划分及赔偿标准。如果可能的话，可以邀请交警部门或专业律师参与协商过程，以确保协议内容真实、合法、有效。
明确授权与追认：
- 如果车主代表驾驶员签订协议，应确保得到驾驶员的明确授权或事后追认。这可以通过书面授权书或驾驶员在协议上签字确认的方式来实现。
及时履行协议：
- 一旦签订协议，双方应按时履行各自的义务。如果一方不履行或履行不符合约定，另一方可以通过协商、调解或向人民法院提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。
举例说明：
假设在一起交通事故中，车主A的车辆由驾驶员B驾驶，与当事人C发生了碰撞。事故后，车主A与当事人C签订了赔偿协议，约定由车主A赔偿当事人C一定金额的医疗费、误工费等。如果车主A具备民事行为能力、意思表示真实、协议内容合法合规，并且双方已经按照协议实际履行或接受履行，那么该赔偿协议是具有法律效力的。
但如果车主A在签订协议时存在欺诈行为（如故意隐瞒事故责任划分情况），导致当事人C在违背真实意思的情况下签订了协议，那么当事人C有权请求人民法院撤销该协议。
综上所述，交通事故后由车主来确定赔偿协议的法律效力取决于多个因素。在实际操作中，双方应谨慎签订并严格履行协议内容，以确保自身权益得到有效保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。