检察院自侦的刑事案件两次退侦，意味着案件在审查起诉阶段存在事实不清、证据不足或其他需要进一步调查核实的问题，且这些问题在第一次补充侦查后仍未得到完全解决，因此需要第二次退回补充侦查。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与程序规定
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条的规定：“人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。”这一条款明确了检察机关在审查起诉过程中，对于事实不清、证据不足的案件，有权退回侦查机关（在检察院自侦案件中，即退回检察院内部的侦查部门或相关侦查机关）进行补充侦查，且补充侦查的次数以两次为限。
二、两次退侦的具体含义
案件存在问题：两次退侦表明案件在第一次补充侦查后，仍然存在事实不清、证据不足或其他影响定罪量刑的问题。这些问题可能涉及犯罪嫌疑人的身份、作案时间、地点、手段、后果等关键要素，或者证据之间存在矛盾、无法形成完整的证据链。
进一步调查核实：两次退侦要求侦查机关针对存在的问题，进一步开展调查取证工作，收集新的证据材料，核实原有证据的真实性、合法性和关联性，以查明案件事实真相。
限制次数与时间：根据法律规定，补充侦查以二次为限，每次补充侦查的时间不得超过一个月。这意味着侦查机关必须在有限的时间内完成补充侦查工作，并将案件重新移送检察机关审查起诉。
三、两次退侦的可能结果
提起公诉：如果经过第二次补充侦查，案件事实清楚、证据确实充分，符合起诉条件，检察机关将依法提起公诉，由法院进行审理。
不起诉决定：如果经过第二次补充侦查，仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，检察机关可以作出不起诉的决定。这包括法定不起诉（如犯罪嫌疑人没有犯罪事实）和存疑不起诉（如证据不足、不能认定被告人有罪）。
其他处理：在某些特殊情况下，如果案件存在其他严重问题（如违反法定程序、证据来源非法等），检察机关也可能采取其他处理方式，如撤销案件、建议行政机关给予行政处罚等。不过，在检察院自侦的案件中，这种情况相对较少见。
四、两次退侦的意义与影响
保障司法公正：通过补充侦查，可以确保案件事实的准确性和证据的充分性，从而保障司法公正的实现。
维护当事人权益：对于犯罪嫌疑人而言，两次退侦为其提供了更多的辩护机会和空间；对于被害人而言，则有助于其合法权益得到更有效的保护。
提高诉讼效率：虽然补充侦查会延长案件的办理时间，但从长远来看，它有助于减少冤假错案的发生，提高诉讼效率和质量。
总结来说，检察院自侦的刑事案件两次退侦是一个重要的法律程序，它体现了检察机关对案件质量的严格把控和对证据充分性的高要求。如果您或您身边的人遇到此类情况，建议积极配合侦查机关的工作，如实陈述事实，提供线索，以便尽快查清案件事实。同时，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。