员工不配合公司工作被罚款是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度中明确规定了不配合工作的行为属于违纪，并设定了相应的罚款措施，且该规章制度已经民主程序制定并公示或告知员工：

   • 在这种情况下，如果员工确实存在不配合工作的行为，公司依据规章制度对其进行罚款，在罚款数额合理且不违反法律法规强制性规定的前提下，该罚款行为可能是合法的。但需要注意的是，根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位不得随意克扣劳动者工资，罚款应当有明确的法律依据或规章制度支持，且罚款数额应合理，不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 若公司规章制度中未明确规定不配合工作的行为属于违纪，或未设定罚款措施，或规章制度未经民主程序制定且未公示或告知员工：

   • 在这种情况下，公司对员工进行罚款可能缺乏合法依据，属于违法行为。因为公司规章制度是公司管理员工的重要依据，如果规章制度本身存在瑕疵或未经过合法程序制定，那么其效力可能会受到质疑。此时，员工有权拒绝接受不合理的罚款，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自己的合法权益。

3. 从法律原则的角度分析：

   • 劳动法保护劳动者的合法权益，禁止用人单位滥用管理权损害劳动者的利益。罚款作为一种经济处罚措施，应当受到严格的限制和监管。公司不能仅凭主观意愿或内部规定就对员工进行罚款，而必须依据法律法规或经过合法程序制定的规章制度进行。

法律建议：

• 对于公司而言，应当制定合法、合理、明确的规章制度，并经过民主程序制定并公示或告知员工。在规章制度中明确规定违纪行为及相应的处罚措施，确保罚款等处罚措施有明确的法律依据和规章制度支持。
• 对于员工而言，如果公司对其进行罚款，应当首先查看公司的规章制度是否合法、合理且已公示或告知。如果认为罚款不合理或缺乏合法依据，可以拒绝接受并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司违法对员工进行罚款，可能会面临劳动监察部门的处罚，如责令改正、罚款等。同时，员工也有权要求公司返还被非法扣除的工资，并可能因此解除劳动合同并要求公司支付经济补偿金。

如有更多关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，可以直接向我咨询。