结论：正在经营的水果基地被原发包方租出去是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及发包方是否有权出租、租赁合同是否有效以及是否侵犯承包方权益等核心问题。以下从不同角度进行分析：

一、发包方是否有权出租

1. 若发包方为土地所有权人或合法管理人：

   • 根据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关规定，土地所有权人或合法管理人（如集体经济组织）有权依法发包土地。若原发包方在发包时具备合法身份，且承包合同中未明确禁止转包或出租，则发包方在承包期内原则上不得擅自改变土地用途或收回土地再行出租。但若承包合同中有特别约定，如允许发包方在特定条件下收回土地或转包，则需按合同约定执行。
   • 特殊情况：若发包方为集体经济组织，且出租行为经过了村民会议或村民代表会议的民主议定程序，符合法定程序要求，则出租行为可能被视为合法。

2. 若发包方非土地所有权人或合法管理人：

   • 若发包方本身不具备发包土地的合法身份（如非法占用土地或超越权限发包），则其出租行为可能因主体不适格而无效。

二、租赁合同是否有效

1. 合同内容合法性：

   • 租赁合同需符合《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的规定，包括合同双方意思表示真实、内容合法、不违反法律或行政法规的强制性规定等。若租赁合同内容存在违法情形（如改变土地农业用途、违反土地利用总体规划等），则合同可能被认定为无效。

2. 合同签订程序合法性：

   • 租赁合同的签订需遵循法定程序，如涉及集体土地出租的，需经过村民会议或村民代表会议的民主议定程序。若未履行法定程序，则合同可能因程序违法而无效。

三、是否侵犯承包方权益

1. 承包方优先权：

   • 根据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关规定，承包方在承包期内享有优先承包权。若发包方在承包期内擅自将土地出租给第三方，且未事先告知承包方或未给予承包方优先承包的机会，则可能侵犯承包方的优先权。

2. 承包方经营权保护：

   • 承包方在承包期内享有土地的经营权，包括种植、养殖等农业生产活动。若发包方擅自出租土地导致承包方无法继续经营或遭受经济损失的，承包方有权要求发包方承担违约责任或赔偿损失。

四、法律建议

1. 核实发包方身份及权限：

   • 承包方应首先核实发包方的身份及权限，确认其是否为土地所有权人或合法管理人，以及是否具备发包土地的合法身份。

2. 审查租赁合同内容及程序：

   • 承包方应仔细审查租赁合同的内容及签订程序，确认合同是否合法有效，以及是否侵犯了自己的优先权或经营权。

3. 及时主张权利：

   • 若承包方发现发包方擅自出租土地或侵犯自己权益的，应及时向发包方提出异议，并要求其停止侵权行为。若协商无果的，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

总结：正在经营的水果基地被原发包方租出去是否合法，需根据发包方身份及权限、租赁合同内容及程序以及是否侵犯承包方权益等多方面因素综合判断。若您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。