被挂靠企业确实有权要求侵权人停止侵害，但具体权利的行使和效果需根据侵权行为的性质、挂靠关系的法律状态及实际损害情况等因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、挂靠关系的法律性质与责任承担
挂靠关系通常指一个企业（挂靠方）以另一个企业（被挂靠方）的名义从事经营活动，并向被挂靠方支付一定费用的行为。在这种关系中，被挂靠方往往对挂靠方的经营活动负有一定的监督和管理责任。当挂靠方的行为侵害了第三方的合法权益时，被挂靠方可能因未尽到监督和管理职责而承担相应的法律责任。然而，这并不意味着被挂靠方不能对侵权人主张权利。
二、被挂靠企业的权利基础
物权保护：如果侵权行为直接侵害了被挂靠企业的财产权（如商标权、专利权、名誉权等），被挂靠企业有权依据物权法或相关知识产权法的规定，要求侵权人停止侵害、排除妨碍、消除危险等。
合同关系：若被挂靠企业与挂靠方之间存在明确的合同关系，且合同中约定了被挂靠企业在挂靠方侵权时的权利救济措施，被挂靠企业可以依据合同约定要求侵权人停止侵害。
共同侵权责任：在特定情况下，如果被挂靠企业与挂靠方构成共同侵权，被挂靠企业虽然可能需要承担连带责任，但同时也有权向实际侵权人（挂靠方或第三方）追偿，并要求其停止侵害行为。
三、实际操作中的考虑因素
侵权行为的性质：侵权行为的性质（如是否故意、是否恶意、是否造成严重后果等）将直接影响被挂靠企业主张权利的方式和效果。对于恶意侵权或造成严重后果的侵权行为，被挂靠企业更有可能获得法律的支持。
挂靠关系的法律状态：挂靠关系是否合法、是否得到有效监管等因素也将影响被挂靠企业的权利行使。如果挂靠关系本身违法或未得到有效监管，被挂靠企业在主张权利时可能面临一定的法律障碍。
实际损害情况：被挂靠企业需要证明其因侵权行为遭受了实际损害，这是主张权利的重要前提。损害可以是直接的财产损失，也可以是间接的商业机会丧失、名誉损害等。
四、法律建议
及时收集证据：被挂靠企业在发现侵权行为后，应及时收集相关证据，包括侵权行为的证据、损害结果的证据等，以便在主张权利时提供有力支持。
咨询专业律师：由于挂靠关系和侵权行为的复杂性，被挂靠企业在主张权利前最好咨询专业律师，了解自身的法律地位和权利救济途径。
采取合理措施：在主张权利时，被挂靠企业应采取合理、合法的措施，避免过度维权或采取不当手段导致法律风险增加。
如果您在挂靠关系中遇到侵权问题或有其他相关法律疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。