公司发起存款直接打入员工账户是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
工资、奖金等劳动报酬支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有义务按时足额支付员工工资、奖金等劳动报酬。若公司通过银行转账方式，将工资、奖金等直接打入员工个人账户，这是合法且常见的做法。
- 关键点：确保转账行为符合劳动合同约定，且转账金额与应发工资、奖金等相符。
员工福利或报销款项支付：
- 公司可能为员工提供某些福利（如节日福利、生日福利等）或报销员工因工作产生的费用（如差旅费、办公费等）。这些款项若通过银行转账方式直接打入员工账户，也是合法的。
- 关键点：确保转账行为符合公司规章制度，且转账金额与应发放的福利或应报销的费用相符。
特定项目或任务下的资金支付：
- 在某些特定项目或任务中，公司可能需要向员工支付预付款、进度款或尾款等。若这些款项通过银行转账方式直接打入员工账户，且符合项目合同或公司内部规定，也是合法的。
- 关键点：确保转账行为符合项目合同或公司内部规定，且转账金额与应支付的款项相符。
二、可能不合法或需谨慎处理的情形
未经员工同意擅自转账：
- 若公司未经员工同意，擅自将资金打入员工账户，这可能构成对员工财产权的侵犯，是不合法的。
- 建议：在进行任何转账行为前，应确保已获得员工的明确同意。
转账金额与约定不符：
- 若公司转账的金额与劳动合同、公司规章制度或项目合同中约定的金额不符，这可能引发纠纷，甚至构成违法行为（如拖欠工资、挪用资金等）。
- 建议：在进行转账时，应仔细核对转账金额，确保与约定相符。
涉及非法活动或洗钱：
- 若公司转账行为涉及非法活动（如赌博、贩毒等）或洗钱等违法行为，这不仅是非法的，还可能对公司和员工造成严重的法律后果。
- 建议：公司应严格遵守法律法规，避免参与任何非法活动或洗钱行为。
三、法律后果与风险提示
- 若公司转账行为合法：则无需承担法律责任，且有助于维护良好的劳动关系和公司形象。
- 若公司转账行为不合法：则可能面临法律制裁（如罚款、赔偿等），并可能对公司声誉和员工关系造成负面影响。
总结与建议：公司发起存款直接打入员工账户是否合法，需根据具体情况来判断。在进行转账行为前，公司应确保已获得员工的明确同意，并仔细核对转账金额与约定是否相符。同时，公司应严格遵守法律法规，避免参与任何非法活动或洗钱行为。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。