结论：农民工在几年没拿到工资且包工头失踪的情况下，可以尝试起诉公司，但具体能否成功需视情况而定，主要取决于农民工与公司之间是否存在直接的劳动关系或事实劳动关系，以及公司是否对包工头的行为承担连带责任。
分析说明：
劳动关系或事实劳动关系的认定：
- 如果农民工与公司之间签订了劳动合同，或者虽然没有签订劳动合同但存在事实劳动关系（如公司直接管理农民工的工作、支付工资等），那么农民工与公司之间就构成了劳动关系。在这种情况下，农民工有权直接向公司主张工资福利等权益。
- 如果农民工只是与包工头个人形成了雇佣关系，而没有与公司建立劳动关系或事实劳动关系，那么农民工直接起诉公司可能会面临一定的法律障碍。但即便如此，如果公司存在过错（如明知包工头无资质或未尽到监管责任），农民工仍有可能通过法律途径追究公司的连带责任。
公司对包工头行为的连带责任：
- 在一些情况下，即使农民工与公司之间不存在直接的劳动关系，公司也可能因包工头的行为而承担连带责任。例如，如果公司违反了相关法律法规，将工程分包给无资质的包工头，或者未对包工头的用工行为进行必要的监管，导致农民工权益受损，那么公司就可能需要对包工头的行为承担连带责任。
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，建设单位或者施工总承包单位将建设工程发包或者分包给个人或者不具备合法经营资格的单位，导致拖欠农民工工资的，由建设单位或者施工总承包单位清偿。施工单位允许其他单位和个人以施工单位的名义对外承揽建设工程，导致拖欠农民工工资的，由施工单位清偿。
法律程序与证据收集：
- 农民工在起诉公司前，应尽可能收集与劳动关系或事实劳动关系相关的证据，如工作证、工资条、考勤记录、工作照片等，以证明自己与公司之间存在劳动关系或事实劳动关系。
- 同时，农民工还应收集包工头失踪的相关证据，如报警记录、包工头的身份信息等，以便在起诉时证明自己的权益受到了侵害且无法直接向包工头主张。
- 在起诉过程中，农民工应遵循法律程序，向有管辖权的法院提起诉讼，并提交充分的证据支持自己的主张。
行动建议：
- 收集证据：农民工应尽快收集与劳动关系或事实劳动关系以及包工头失踪相关的证据，以便在起诉时使用。
- 咨询律师：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，农民工在起诉前最好咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的权益。
- 提起诉讼：在收集到充分证据并咨询律师后，农民工可以向有管辖权的法院提起诉讼，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿。
法律后果：
- 如果农民工能够证明与公司之间存在劳动关系或事实劳动关系，并且公司存在过错导致拖欠工资，那么法院可能会判决公司支付拖欠的工资及可能的赔偿。
- 如果农民工无法证明与公司之间存在劳动关系或事实劳动关系，或者公司不存在过错，那么农民工的诉讼请求可能会被驳回。但即便如此，农民工仍可以通过其他途径（如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等）来维护自己的权益。
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