结论：被申请人在仲裁开庭后数日提交补充答辩意见对已过仲裁时效进行抗辩，这一行为本身在程序上是合法的，但能否被采纳取决于仲裁庭对时效中断、中止等情形的审查以及被申请人提出抗辩的具体理由和证据。

详细分析：

1. 程序合法性：

   • 在劳动仲裁程序中，被申请人有权在答辩期内提交答辩意见，这是其基本的诉讼权利。虽然通常答辩意见应在收到仲裁申请书副本后的一定期限内（如十日）提交，但法律并未严格限制在开庭后不得提交补充答辩意见。
   • 仲裁庭在审理案件时，会关注双方当事人的陈述和证据，包括被申请人提出的任何抗辩理由。因此，被申请人在开庭后数日提交补充答辩意见，只要内容合法、合理，且未违反仲裁庭的程序规定，通常是被允许的。

2. 仲裁时效的抗辩：

   • 仲裁时效是劳动仲裁中的一个重要概念，它指的是劳动者或用人单位在知道或应当知道其权益受到侵害之日起的一定期限内（如一年）提出仲裁申请的期限。
   • 如果被申请人认为劳动者的仲裁申请已经超过了法定的仲裁时效，其有权提出抗辩。这种抗辩可以在答辩期内提出，也可以在开庭后、甚至在整个仲裁过程中提出，只要仲裁庭尚未就案件作出最终裁决。

3. 抗辩的采纳与否：

   • 仲裁庭在审查被申请人的时效抗辩时，会考虑是否存在时效中断、中止等情形。例如，如果劳动者在仲裁时效期间内曾向用人单位提出过权利主张，或者因不可抗力等原因无法及时提出仲裁申请，这些都可能导致仲裁时效的中断或中止。
   • 如果被申请人提出的时效抗辩理由不成立，或者无法提供充分的证据支持其抗辩，仲裁庭将不会采纳其抗辩意见，并继续审理案件的其他争议焦点。

4. 实际操作建议：

   • 对于被申请人而言，如果打算提出时效抗辩，应尽早准备相关证据和理由，并在答辩期内或开庭时及时提出。虽然开庭后提交补充答辩意见在程序上可能被允许，但提前准备和提出可以更有效地维护自己的权益。
   • 对于劳动者而言，如果担心自己的仲裁申请可能超过时效，应尽快提出仲裁申请，并保留好相关证据（如向用人单位提出权利主张的书面记录、邮寄凭证等），以应对可能的时效抗辩。

总结：被申请人在仲裁开庭后数日提交补充答辩意见对已过仲裁时效进行抗辩，在程序上是合法的。但能否被采纳取决于仲裁庭对时效中断、中止等情形的审查以及被申请人提出抗辩的具体理由和证据。因此，双方当事人都应充分准备证据和理由，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。