农村房子经过两次拍卖流拍后，一般不能直接自行签协议以物抵债，但存在特定情形下可以以物抵债。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下的处理方式

在司法拍卖程序中，如果农村房子经过两次拍卖均流拍，根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》的相关精神（虽未直接提及农村房屋，但拍卖程序的一般原则适用），通常的处理方式是：

1. 降价拍卖：法院可能会根据市场情况，适当降低拍卖保留价，进行第三次拍卖。
2. 变卖程序：如果第三次拍卖仍然流拍，法院可能会启动变卖程序，即按照第三次拍卖的保留价，通过非拍卖方式（如协商、招标等）变卖该财产。

二、特定情形下的以物抵债

在特定情形下，即申请执行人或者其他执行债权人拒绝接受或者依法不能接受该不动产或者其他财产权抵债的，人民法院应当解除查封、扣押，并将该财产退还被执行人。但对该财产可以采取其他执行措施的除外。若申请执行人同意以物抵债，且该抵债行为不损害其他债权人的合法权益和社会公共利益，法院可以裁定以物抵债。具体来说：

1. 申请执行人同意：如果申请执行人（即债权人）同意接受该农村房子以抵偿债务，并且这种抵债行为不会损害其他债权人的合法权益和社会公共利益，那么法院可以裁定以物抵债。
2. 法院裁定：以物抵债需要法院作出裁定，确认抵债的合法性和有效性。未经法院裁定，双方自行签订的以物抵债协议可能不具有法律效力。

三、自行签协议以物抵债的风险

如果双方未经法院裁定，自行签订以物抵债协议，可能会面临以下风险：

1. 协议无效：由于未经法院确认，该协议可能因违反法律强制性规定或损害他人利益而被认定为无效。
2. 执行难题：如果后续需要执行该协议，可能会因为缺乏法院的支持而面临执行难题。
3. 法律纠纷：自行签订的协议可能引发更多的法律纠纷，如其他债权人的异议、被执行人的反悔等。

四、建议

1. 咨询法院：在农村房子两次拍卖流拍后，建议首先咨询执行法院，了解法院对以物抵债的态度和具体操作流程。
2. 协商一致：如果申请执行人同意以物抵债，应与被执行人协商一致，并确保抵债行为不损害其他债权人的合法权益和社会公共利益。
3. 法院裁定：在协商一致的基础上，应请求法院作出以物抵债的裁定，以确保协议的合法性和有效性。

如有更多关于房产抵押、房屋买卖或债务债权方面的法律问题，可以直接向我咨询。