关于医院进修合同辞职违约金及奖金扣除问题，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 违约金数额的确定

   • 法定限制：根据《劳动合同法》第22条，若医院为进修提供专项培训费用（如学费、差旅费等），可约定服务期及违约金，但违约金不得超过服务期未履行部分所分摊的培训费用。例如：培训总费用3万元，服务期3年，已履行1年，则违约金最高为2万元。
     
   • 约定优先：若合同中明确约定违约金计算方式（如按比例递减），且不违反法定上限，则以合同为准；若未约定或约定违法（如约定“未满服务期需全额赔偿培训费”），则违约金条款可能被认定无效。
     
   • 无培训费用情形：若医院未实际支出培训费用（如仅提供内部培训），则无权主张违约金。

2. 在职期间奖金扣除的合法性

   • 奖金性质决定：若奖金属于固定工资组成部分（如月度绩效奖），医院无权因辞职扣除；若为浮动奖金（如年终奖、项目奖），需根据合同或规章制度判断：
     
     • 合同明确约定：若合同约定“未满服务期需返还部分奖金”，且该条款不违反法律强制性规定（如未显失公平），则可能被支持；
       
     • 无约定或约定违法：医院不得单方扣除奖金，否则构成克扣工资，劳动者可主张补发并要求赔偿。
       
   • 程序合法性：即使合同有约定，医院也需证明奖金发放与辞职存在直接关联（如奖金系对未来服务的预支），否则扣除行为可能被认定违法。

3. 实务建议

   • 审查合同条款：重点查看服务期、违约金、奖金发放及扣除的约定，判断是否合法有效；
     
   • 协商解决：与医院沟通，争取减少违约金或避免奖金扣除，必要时可提出分期支付违约金；
     
   • 法律途径：若医院行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张权益。

提示：具体案件需结合合同文本、培训费用凭证、奖金发放记录等证据综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。