机关事业单位工作人员自动离职后，其自动离职前的工龄一般不予计算，但存在特殊情况可争取对之前工龄的认可。对于社保缴费年限，无论是否自动离职，已缴纳的部分均予认可。以下是对该问题的详细分析：
一、一般情况下的工龄计算
自动离职的后果：
- 根据原劳动人事部保险福利局《关于除名职工重新参加工作后工龄计算问题的复函》（劳人险函〔1984〕3号）等文件精神，自动离职人员连续工龄通常从重新参加工作之日起计算，自动离职前的工龄不计算为连续工龄。这是因为自动离职违反了单位的劳动纪律和管理规定。
- 同样，根据人事管理原则，员工应按照规定程序办理离职手续。擅自离职（即自动离职）的行为，单位有权不计算其工龄。
社保缴费年限的独立性：
- 社保缴费年限是独立于工龄计算的另一个重要指标。即使在自动离职前，只要单位和个人已按规定缴纳了社会保险费，这部分缴费年限依然有效，并在符合养老金领取条件等情况下，可与后续缴费年限合并计算。
二、特殊情况下的工龄计算
非本人主观意愿离职：
- 如果自动离职人员能提供充分证据证明其离职存在非本人主观意愿的合理因素，如因单位原因导致误解而离职，经过相关部门的调查核实和认定后，有可能争取对之前工龄的认可。但这种情况操作复杂，需经过严格审核程序。
重新入职原单位：
- 若自动离职人员后来又重新入职原事业单位，其工龄计算需综合考虑前后两段工作经历以及单位的具体规定。在符合政策规定且单位认可的情况下，两段工作时间有可能合并计算工龄。但这一规定并非绝对，具体还需根据单位的人事管理制度和当地政策来确定。
三、操作建议
了解当地政策：
- 面对自动离职工龄计算的问题，工作人员应首先了解当地的具体政策规定，这可能因地区而异。不同地区的政策执行力度和解释可能存在差异，因此了解当地政策是解决问题的第一步。
提供充分证据：
- 如有疑问或需要争取工龄认可，建议向当地的人力资源和社会保障部门咨询具体政策，并按照要求提供相关材料进行申诉和认定。这些材料可能包括离职证明、工作记录、社保缴纳证明等，以证明自己的工作经历和社保缴纳情况。
寻求法律帮助：
- 在处理此类问题时，如果感到困惑或无法自行解决，可考虑寻求专业法律顾问的帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助，确保您的权益得到妥善维护。
综上所述，机关事业单位工作人员自动离职后，其工龄计算需遵循相关法律法规及人事管理原则。一般情况下，自动离职前的工龄不予计算；但在特殊情况下，通过提供充分证据并经过严格审核程序，有可能争取对之前工龄的认可。同时，社保缴费年限不受自动离职影响，已缴纳的部分均予认可。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。