擅自收取保底水费的行为，主要违反了《中华人民共和国价格法》第十二条和第十四条的规定。具体分析如下：

1. 违反《价格法》第十二条：该条款规定，经营者进行价格活动，应当遵守法律、法规，执行依法制定的政府指导价、政府定价和法定的价格干预措施、紧急措施。若水费收取标准属于政府指导价或政府定价范畴，供水单位擅自设定保底水费，即未执行政府制定的价格标准，构成了对第十二条的违反。

2. 违反《价格法》第十四条：该条款明确禁止经营者利用虚假的或者使人误解的价格手段，诱骗消费者或者其他经营者与其进行交易，以及采取抬高等级或者压低等级等手段收购、销售商品或者提供服务，变相提高或者压低价格等不正当价格行为。擅自收取保底水费，若未在供水合同中明确约定，或未经用户同意，可能被视为通过不正当手段变相提高水费价格，从而违反了第十四条的规定。

进一步分析：

• 合同约定角度：如果供水合同中明确约定了保底水费的收取条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么供水单位收取保底水费可能不构成违法。但若合同中无此约定，或约定不明确，供水单位擅自收取则可能构成违约或违法。
• 地方性法规与规章：部分地区可能根据当地实际情况，制定了关于供水价格管理的具体办法或规定。如果这些地方性法规或规章对保底水费的收取有明确规定，供水单位应遵守这些规定。否则，也可能面临法律责任。

建议：

• 对于供水单位而言，应严格遵守《价格法》及相关法律法规的规定，合理制定水费收取标准，并在供水合同中明确约定。如需收取保底水费，应确保合同中有明确条款，并符合地方性法规或规章的规定。
• 对于用户而言，如发现供水单位擅自收取保底水费，可先与供水单位协商解决；协商不成的，可向当地价格主管部门或消费者协会投诉举报，维护自身合法权益。

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