结论：事业单位5万元以下项目直接指定施工方是否违规，需结合具体情况判断，主要依据是否符合相关法律法规及内部规定。以下从不同角度进行分析：

一、法律法规层面

1. 《中华人民共和国招标投标法》及相关规定

   • 一般规定：根据《中华人民共和国招标投标法》，大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目，以及全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目，其勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标。
   • 例外情形：对于必须进行招标的项目，如果存在以下情形之一，可以不进行招标：
     • 涉及国家安全、国家秘密或者抢险救灾，不适宜招标的；
     • 属于利用扶贫资金实行以工代赈需要使用农民工的；
     • 施工主要技术采用特定的专利或者专有技术的；
     • 施工企业自建自用的工程，且该施工企业资质等级符合工程要求的；
     • 在建工程追加的附属小型工程或者主体加层工程，原中标人仍具备承包能力的；
     • 法律、行政法规规定的其他情形。
   • 分析：若5万元以下的项目不属于上述必须招标的范围，或者符合上述例外情形，则直接指定施工方可能不违规。但需注意，即使项目金额较小，如果属于必须招标的范围且不符合例外情形，直接指定施工方则可能违反《中华人民共和国招标投标法》。

2. 事业单位内部规定

   • 分析：事业单位可能根据自身情况制定内部采购或招标规定，对于小额项目可能有特定的处理方式。如果事业单位内部规定允许在特定条件下直接指定施工方，且该规定不违反法律法规，则直接指定施工方可能不违规。

二、实际操作层面

1. 项目性质与金额

   • 分析：项目性质（如是否涉及公共利益、公众安全）和金额（如是否达到必须招标的标准）是判断是否违规的重要因素。对于5万元以下的项目，如果其性质不涉及公共利益、公众安全，且金额未达到必须招标的标准，则直接指定施工方可能较为常见且不违规。

2. 透明度与公正性

   • 分析：即使项目金额较小，如果直接指定施工方缺乏透明度或公正性（如存在利益输送、暗箱操作等），则可能引发质疑或违规问题。因此，在直接指定施工方时，应确保过程公开透明，避免利益冲突。

三、建议与后果

1. 建议

   • 遵守法律法规：在决定是否直接指定施工方时，应首先确保符合《中华人民共和国招标投标法》及相关规定。
   • 完善内部规定：事业单位应制定完善的内部采购或招标规定，明确小额项目的处理方式，确保操作合规。
   • 增强透明度：在直接指定施工方时，应增强过程透明度，避免利益冲突和质疑。

2. 可能后果

   • 违规后果：如果直接指定施工方违反法律法规或内部规定，可能面临行政处罚、法律纠纷等后果。
   • 声誉损害：违规操作还可能损害事业单位的声誉和公信力，影响其长期发展。

总结：事业单位5万元以下项目直接指定施工方是否违规，需结合项目性质、金额、法律法规及内部规定等因素综合判断。在操作过程中，应确保合规性、透明度和公正性，避免违规操作带来的不良后果。如有具体疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。