结论：员工因严重违反公司规章制度被辞退的，用人单位应开具解除劳动合同证明，而非协商解除劳动合同协议。以下从法律性质、适用情形、程序要求及法律后果四个角度详细分析：

一、法律性质：单方解除与协商解除的本质区别

1. 解除劳动合同证明
   根据《劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，必须出具解除劳动合同证明。这是法定义务，适用于所有解除情形（包括员工过错解除、无过错解除、经济性裁员等）。

   • 核心作用：证明劳动关系终止，便于员工办理失业登记、社保转移等手续。
     
   • 内容要求：需载明劳动合同期限、解除日期、工作岗位及解除原因（如“严重违反规章制度”）。

2. 协商解除劳动合同协议
   协商解除是双方通过合意终止劳动关系（《劳动合同法》第三十六条），需签订书面协议明确权利义务（如经济补偿金额、离职时间等）。

   • 适用情形：仅适用于双方自愿协商一致解除，不适用于用人单位单方解除（如员工严重违纪）。
     
   • 法律风险：若员工未同意协商，用人单位强行要求签订协议，可能构成违法解除。

二、适用情形：严重违纪解除的法定性

根据《劳动合同法》第三十九条第二项，员工“严重违反用人单位规章制度”的，用人单位可单方解除劳动合同，无需支付经济补偿。

• 关键要件：
  
  1. 规章制度合法有效：需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、内容合法且向员工公示（如签字确认、内部系统公告）。
     
  2. 违纪事实明确：员工行为需达到“严重”程度（如多次违规、造成重大损失或影响恶劣），且用人单位需提供证据（如监控录像、书面警告记录）。
     
  3. 程序合规：需履行通知工会义务（若未通知，可能被认定为违法解除，但起诉前补正可免责）。

示例：某公司员工因多次旷工被公司依据规章制度解除劳动合同，公司需提供考勤记录、书面警告等证据，并出具解除劳动合同证明，而非协商解除协议。

三、程序要求：解除流程的合规性

1. 单方解除流程：

   • 调查核实违纪事实→依据规章制度作出解除决定→通知工会（如有）→向员工送达解除通知→出具解除劳动合同证明。
     
   • 禁止行为：未调查清楚即解除、未通知工会、未出具证明等均可能导致违法解除。

2. 协商解除流程：

   • 双方就解除条件（如补偿金额、离职时间）达成一致→签订书面协议→办理离职手续。
     
   • 限制：若员工不同意协商，用人单位不得强制要求签订协议，否则可能构成胁迫或违法解除。

四、法律后果：错误选择的法律风险

1. 应开证明而未开：
   根据《劳动合同法》第八十九条，用人单位未出具解除证明的，由劳动行政部门责令改正；给员工造成损害的，需承担赔偿责任（如员工因无法办理失业登记而损失的失业金）。

2. 错误签订协商解除协议：

   • 若员工实际存在严重违纪行为，但用人单位误签协商解除协议，可能被认定为“自愿支付经济补偿”，增加不必要的成本。
     
   • 若员工否认违纪事实，用人单位可能因无法证明“协商一致性”而面临争议（如员工主张被迫签订协议）。

五、实务建议：如何正确操作？

1. 明确解除性质：若员工严重违纪，坚持单方解除，避免混淆为协商解除。
   
2. 完善证据链：留存规章制度公示记录、违纪证据（如书面警告、监控录像）、工会通知记录等。
   
3. 规范文书使用：
   
   • 单方解除时：出具《解除劳动合同通知书》+《解除劳动合同证明》。
     
   • 协商解除时：签订《协商解除劳动合同协议》，明确双方权利义务。
     
4. 咨询专业律师：若对违纪事实认定或程序合规性存疑，建议提前咨询律师，避免法律风险。

总结：员工因严重违纪被辞退的，用人单位应依法开具解除劳动合同证明，并确保解除流程合法合规。若您遇到类似纠纷或需进一步指导，欢迎直接向我咨询。