核心结论：农村自建房合同未约定发票开具事项，可通过协商、合同补充或法律途径解决，具体如下：

1. 优先协商解决
   合同未明确约定发票开具义务时，双方可基于诚实信用原则协商补充约定。根据《民法典》第五百一十条，合同生效后未约定或约定不明的事项，可协议补充；无法达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。

   • 操作建议：主动与对方沟通，明确发票类型（如增值税普通发票或专用发票）、开具时间及违约责任，并签订书面补充协议，避免后续争议。

2. 合同补充与风险防范
   若协商未果，可依据《民法典》第五百一十一条，结合行业惯例或当地政策推断发票开具义务。例如：

   • 若对方为企业或个体工商户，通常需依法开具发票；
     
   • 若对方为个人且无开票能力，可要求其提供税务机关代开的发票，或通过其他方式补偿税费损失（如降低合同价款）。
     
   • 风险点：未取得发票可能导致无法抵扣税款或作为成本列支，增加税务风险，需在补充协议中明确违约责任（如逾期开票的违约金）。

3. 法律救济途径
   若对方拒绝履行开票义务且协商无果，可向法院起诉要求其履行合同附随义务（开具发票）或赔偿损失。根据《税收征收管理法》第二十一条，单位、个人在购销商品等经营活动中应按规定开具发票，拒不开票可能面临税务处罚，但此属行政责任，与民事赔偿可并行主张。

   • 证据准备：保存合同、付款凭证、沟通记录等，证明对方未履行开票义务；若因未开票导致多缴税款或无法列支成本，需提供税务机关出具的证明或财务审计报告。

总结：合同未约定发票条款时，优先协商补充；无法协商的，结合法律和行业惯例主张权利；必要时通过诉讼或税务举报维护权益。建议未来签订合同时明确发票条款，避免类似风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。