在行政机关申请强制执行时发现事实发生变化，是否应该重新作出处罚决定，需分情况讨论：
若事实的变化并不触及原处罚决定的核心依据，即原处罚决定所基于的事实认定、法律适用及处罚幅度等均未因新事实的出现而变得不合法或不合理，那么行政机关无需重新作出处罚决定。此时，行政机关可继续依据原处罚决定申请强制执行，因为原处罚决定在法律上仍然有效且具备执行力。
事实变化导致原处罚决定失去合法性或合理性
若新事实表明原处罚决定存在错误：例如，原处罚决定所依据的事实被新证据推翻，或者新事实揭示出原处罚决定存在法律适用错误、处罚幅度不当等问题，那么行政机关应当重新审视原处罚决定，并根据新事实依法作出新的处罚决定。这是因为，行政处罚必须基于准确的事实认定和正确的法律适用，若原处罚决定因事实变化而失去合法性或合理性，继续执行将损害当事人的合法权益，也违背了行政处罚的公正原则。
若新事实构成新的违法行为：若新事实表明当事人存在新的违法行为，且该违法行为与原处罚决定所针对的违法行为不同，那么行政机关应当针对新违法行为依法作出新的处罚决定。此时，原处罚决定与新处罚决定针对的是不同的违法行为，二者互不影响，行政机关可分别申请强制执行。
法律背景与建议：
法律背景：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚必须基于准确的事实认定和正确的法律适用。若事实发生变化，导致原处罚决定失去合法性或合理性，行政机关有义务依法重新作出处罚决定，以确保行政处罚的公正性和合法性。
建议：在行政机关申请强制执行过程中，若发现事实发生变化，行政机关应首先评估新事实对原处罚决定的影响。若新事实不影响原处罚决定的合法性与合理性，可继续申请强制执行；若新事实导致原处罚决定失去合法性或合理性，或构成新的违法行为，行政机关应依法重新作出处罚决定，并相应调整强制执行申请。
可能法律后果：
若行政机关在事实发生变化后未依法重新作出处罚决定，而继续申请强制执行原处罚决定，可能面临被法院裁定不予执行的风险。因为，法院在审查强制执行申请时，会严格审查原处罚决定的合法性与合理性，若发现原处罚决定存在错误或不当，将依法裁定不予执行。
若行政机关因未依法重新作出处罚决定而给当事人造成损失的，还可能面临行政赔偿的法律责任。因为，行政机关的违法行为（包括未依法重新作出处罚决定）给当事人造成损失的，应当依法承担赔偿责任。
综上所述，行政机关在申请强制执行时发现事实发生变化，应根据新事实对原处罚决定的影响，依法决定是否重新作出处罚决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。