结论：公司没有总经理只有部门经理且有事直接上报老板，是否会被追究违反公司制度，需视公司章程、内部管理制度的具体规定以及实际执行情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公司章程与内部管理制度的规定
公司章程的明确性：
- 如果公司章程中明确规定了公司的组织架构，包括总经理的设立及其职责，而公司实际未设立总经理，且部门经理直接上报老板的行为与公司章程相悖，那么这种行为可能构成对公司章程的违反。
- 反之，如果公司章程未明确规定必须设立总经理，或者允许公司根据实际情况灵活调整组织架构，那么部门经理直接上报老板的行为则可能不构成违反公司章程。
内部管理制度的约束：
- 公司内部管理制度可能对公司的决策流程、汇报机制等有具体规定。如果制度中明确规定了部门经理需向总经理汇报，而实际却直接上报老板，那么这种行为可能违反了内部管理制度。
- 如果内部管理制度未对汇报机制做出明确规定，或者允许部门经理在特定情况下直接上报老板，那么这种行为则可能不构成违反制度。
二、实际执行情况与制度的一致性
制度执行的一致性：
- 即使公司章程或内部管理制度有明确规定，但如果公司在实际执行中一直允许部门经理直接上报老板，且未因此产生任何负面后果，那么这种行为可能被视为公司的一种实际运作方式，而不构成违反制度。
- 然而，如果公司之前一直要求部门经理向总经理汇报，而突然改变为直接上报老板，且未对制度进行相应修改，那么这种行为可能引发内部管理混乱，甚至可能被视为违反制度。
老板的态度与决策：
- 老板作为公司的最高决策者，其态度对部门经理的汇报行为具有重要影响。如果老板明确表示允许部门经理直接上报，且这种行为未对公司运营产生负面影响，那么这种行为可能被视为合法合规。
- 反之，如果老板对部门经理直接上报的行为表示不满或认为其违反了公司制度，那么这种行为可能面临被追究责任的风险。
三、法律建议与风险提示
完善公司章程与内部管理制度：
- 为避免类似争议，公司应完善章程和内部管理制度，明确公司的组织架构、决策流程、汇报机制等关键事项。
- 制度应具有可操作性和灵活性，以适应公司发展的不同阶段和实际需求。
加强内部沟通与培训：
- 公司应加强内部沟通，确保所有员工都了解并遵守公司章程和内部管理制度。
- 定期对员工进行制度培训，提高员工的制度意识和合规意识。
关注实际执行效果：
- 公司应关注制度的实际执行效果，及时调整和优化制度内容，确保制度与公司实际运作相契合。
- 对于违反制度的行为，公司应及时进行纠正和处理，以维护制度的严肃性和权威性。
总结：公司没有总经理只有部门经理且有事直接上报老板，是否会被追究违反公司制度，需综合考虑公司章程、内部管理制度的具体规定以及实际执行情况。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。