商业险中停运损失的免责条款是否合法需分情况讨论，其合法性取决于条款内容是否符合法律强制性规定及公平原则。具体分析如下：

1. 若免责条款明确排除停运损失且符合法定生效要件，则合法有效
   根据《保险法》第十七条，保险公司对免责条款需履行明确说明义务（如加粗提示、口头解释等），否则条款不生效。若保险公司能证明已尽说明义务，且停运损失属于合同约定的免责范围（如车辆维修期间的间接损失），则该条款合法。例如：

   • 条款约定“因事故导致车辆停驶的间接损失（如营运损失）不赔”，且投保人签字确认；
     
   • 保险公司通过录音、录像等方式证明已向投保人解释条款含义。

2. 若免责条款存在以下情形，则可能被认定无效：

   • 违反法律强制性规定：如《民法典》第一千二百一十三条规定，机动车交通事故责任中，侵权人需赔偿“合理停运损失”。若保险公司通过免责条款完全排除该法定赔偿义务，可能因“排除对方主要权利”而被认定无效。
     
   • 未履行明确说明义务：若保险公司仅在合同中以普通字体印刷免责条款，或未对投保人进行口头/书面解释，投保人可主张条款不生效。
     
   • 条款显失公平：如保险公司单方面扩大免责范围（如将“合理维修时间”外的停运损失也免责），可能因“加重对方责任”被撤销。

实务建议：

• 若您是投保人，签订合同时需仔细阅读免责条款，要求保险公司对模糊内容（如“间接损失”的定义）进行书面解释，并保留沟通记录；
  
• 若您是受害方主张停运损失，可要求侵权人（或其保险公司）提供免责条款生效的证据（如说明义务履行记录），否则可主张条款无效；
  
• 若条款合法但您认为赔偿范围不合理，可尝试通过协商或诉讼调整赔偿标准（如按实际维修时间而非保险公司单方认定的时间计算损失）。

如有具体合同条款或案件细节需要分析，可直接向我提供材料进一步讨论。