商业三者险合同中停运损失免责条款的效力及适用需分情况讨论，具体规定和法律分析如下：

1. 条款效力认定
   根据《保险法》第17条及司法解释，保险公司需对免责条款履行明确说明义务（如加粗提示、投保人签字确认等）。若未尽到该义务，条款可能被认定为无效。

   • 有效情形：保险公司能证明已通过书面或口头形式向投保人明确说明条款内容（如投保单、保险单特别约定栏签字确认）。
     
   • 无效情形：仅在合同中笼统标注“免责条款”，但未对停运损失的具体含义、法律后果等作解释，或未留存投保人确认记录的，条款可能被法院排除适用。

2. 条款适用范围
   停运损失通常指车辆因事故无法从事经营活动导致的合理收入减少（如出租车日营运收入、货车运输利润等）。免责条款的适用需满足：

   • 直接关联性：损失需由事故直接导致，且属于保险责任范围（如车辆碰撞引发的停运）。
     
   • 合理性证明：被侵权人需提供证据证明停运时间、收入标准等（如维修记录、纳税证明、行业平均利润等）。
     
   • 例外情形：若保险公司未在条款中明确“停运损失”属于免责范围，或条款表述模糊（如“其他间接损失”未列举停运损失），法院可能不支持免责主张。

3. 司法实践倾向

   • 支持免责：多数法院认为，停运损失属于间接损失，若保险公司已尽说明义务，可依据合同免责（参考《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第12条）。
     
   • 限制免责：部分法院认为，若停运损失是事故导致的必然结果（如营运车辆维修期间无法使用），且保险公司未对“间接损失”范围作明确界定，可能判决保险公司承担部分赔偿责任。

建议：

• 若您是投保人，签订合同时需仔细核对免责条款，要求保险公司对“停运损失”等关键术语作书面解释，并留存说明记录。
  
• 若您是事故受害方，主张停运损失时需准备完整证据链，同时审查对方保险合同中的免责条款效力。
  
• 具体案件需结合合同文本、事故情况及地方司法实践综合判断，如有疑问可进一步向我提供细节，我会为您详细分析。