关于停运损失费保险公司是否赔偿的问题，这主要取决于所购买的保险合同条款以及具体的法律和司法实践。以下是我为您详细梳理的解答：
一、保险类型与合同条款的影响
交强险：
- 交强险主要赔偿因交通事故造成的人身伤亡和直接财产损失。根据《机动车交通事故责任强制保险条款》，停运损失作为间接损失，通常不在交强险的赔付范围内。
商业三者险：
- 商业三者险的赔偿范围则依据具体合同条款而定。大多数商业三者险合同中会明确排除“停运损失”等间接损失的赔付。然而，也有部分高端商业险或定制条款可能包含停运损失赔偿，但这需要投保时特别约定并支付额外保费。
车辆损失险或其他专项保险：
- 车辆损失险主要赔偿被保险车辆自身的损坏，不涉及停运损失。但如果车主购买了针对营运车辆的特殊险种，如出租车或货车停运损失险，且事故责任在保险范围内，那么保险公司可能按合同约定进行赔偿。不过，这类险种通常也有免责条款，如驾驶员无从业资格证、车辆未年检等情形可能导致拒赔。
二、法律支持与争议处理
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条，合理停运损失是可以获得赔偿的。但该解释并未明确赔偿责任主体为保险公司。
司法实践差异：
- 在司法实践中，法院通常支持保险公司关于停运损失属于免责条款范围的抗辩理由。即使受害方主张停运损失应由保险公司承担，法院也往往判决由侵权人（如肇事方）承担赔偿责任。不过，也存在部分案例中，若保险合同未明确排除停运损失，法院可能支持受害人向保险公司索赔。
三、特殊情况下的保险公司责任
- 如果保险公司无法证明其对免责条款履行了充分的说明提示义务，那么免赔条款可能不生效。这要求保险公司在订立合同时，必须在投保单、保险单或其他保险凭证上作出明显提示，并以书面或口头形式向投保人明确说明条款内容。
四、实际操作建议
投保前确认条款：
- 在购买车险时，务必仔细阅读条款，尤其是免责事项和赔偿范围。如果有疑问，可以向保险公司咨询是否提供停运损失险或其他相关险种。
保留证据：
- 发生事故后，及时收集停运期间的收入证明（如银行流水）、维修记录等证据，以便后续索赔时提供有力支持。
协商与诉讼策略：
- 如果保险公司拒赔，可以先尝试通过协商解决。如果协商不成，可以向法院起诉主张侵权人或保险公司赔偿。但需注意诉讼时效问题，以免错过索赔时机。
综上所述，停运损失费通常不由保险公司直接承担，而是由侵权人根据法律规定和实际情况进行赔偿。但在特定情况下，如保险合同有特别约定或保险公司未充分履行说明提示义务时，保险公司也可能需要承担停运损失费。因此，在处理相关纠纷时，应详细查阅保险合同条款，并结合法律法规和司法实践进行综合判断。