结论：离职员工擅自进入公司并打开机密文件抽屉，公司是可以报警的。这一行为可能涉及侵犯公司商业秘密、非法侵入他人住宅（若公司场所具有类似住宅的私密性且未经允许进入）或违反治安管理等相关法律规定，具体分析如下：

一、可能涉及的法律条款及分析

1. 侵犯商业秘密：

   • 法律依据：根据《反不正当竞争法》第九条，商业秘密是指不为公众所知悉、具有商业价值并经权利人采取相应保密措施的技术信息、经营信息等商业信息。离职员工擅自打开机密文件抽屉，若文件内容属于公司商业秘密，且该员工未经允许获取或试图获取这些信息，则可能构成侵犯商业秘密的行为。
   • 法律后果：根据《反不正当竞争法》第二十一条，经营者以及其他自然人、法人和非法人组织违反本法第九条规定侵犯商业秘密的，由监督检查部门责令停止违法行为，没收违法所得，处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，处五十万元以上五百万元以下的罚款。同时，公司还可以根据《民法典》的相关规定，要求侵权人承担民事赔偿责任。

2. 非法侵入他人住宅（或类似场所）：

   • 法律依据：虽然公司场所通常不被视为“住宅”，但若该场所具有类似住宅的私密性，且离职员工未经允许擅自进入，可能构成非法侵入他人住宅的类似行为（在治安管理处罚层面，可能依据《治安管理处罚法》中关于非法侵入他人住宅或非法搜查他人身体的规定进行处理，尽管严格意义上公司场所不直接等同于住宅，但行为性质相似）。更常见的是，此类行为可能被视为扰乱单位秩序或非法侵入计算机信息系统（若涉及电子数据）等，具体取决于实际情况。但为简化分析，此处以非法侵入类似场所的思路进行阐述。
   • 法律后果：若行为被认定为非法侵入，根据《治安管理处罚法》的相关规定，可能面临五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。若行为性质严重，还可能涉及刑事犯罪，如非法侵入计算机信息系统罪（若涉及电子数据且情节严重）等。

3. 违反治安管理：

   • 法律依据：离职员工擅自进入公司并打开机密文件抽屉，还可能构成扰乱单位秩序或偷窥、偷拍、窃听、散布他人隐私等违反治安管理的行为，具体取决于实际情况。
   • 法律后果：根据《治安管理处罚法》的相关规定，可能面临警告、罚款或拘留等处罚。

二、公司的应对措施

1. 报警：公司应立即向当地公安机关报案，说明情况并提供相关证据，如监控录像、文件内容等，以便公安机关进行调查处理。
2. 内部调查：公司可以同时开展内部调查，了解离职员工擅自进入公司并打开机密文件抽屉的具体原因和目的，以便更好地应对可能的法律风险。
3. 加强安全管理：公司应加强安全管理措施，如加强门禁系统、安装监控设备、完善保密制度等，以防止类似事件再次发生。

三、后续法律行动建议

• 民事赔偿：若离职员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以根据《民法典》的相关规定，要求侵权人承担民事赔偿责任。
• 刑事追责：若离职员工的行为涉嫌犯罪，如侵犯商业秘密罪、非法侵入计算机信息系统罪等，公司可以向公安机关提出刑事控告，要求追究其刑事责任。

总结：离职员工擅自进入公司并打开机密文件抽屉，公司是可以报警的。这一行为可能涉及侵犯商业秘密、非法侵入他人住宅（或类似场所）或违反治安管理等相关法律规定。公司应立即采取报警、内部调查和加强安全管理等措施，并根据实际情况考虑后续的法律行动。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。