当员工以痛经理由请假时，作为用人单位，我们需要综合考虑多方面因素来妥善处理这一问题。以下是一些详细且具有深度的处理建议：

一、核实请假理由的真实性

1. 要求提供证明：员工应提供由正规医疗机构出具的诊断证明书或病假证明书，证明其确实因痛经需要休息。这些证明应包含医生的诊断意见、建议休息的时间等关键信息。
2. 复核权利：用人单位有权对员工提交的病假证明进行复核。如果怀疑证明的真实性，可以到开具证明的医疗机构进行核实，或者要求员工到指定的医院进行复查。但指定的医院应确保公平性、合理性和便利性，避免给员工带来不必要的负担。

二、遵循公司规章制度

1. 明确请假流程：公司应制定明确的请假制度，规定员工请病假需要提交的材料、请假流程、审批权限等。员工在请假时，应按照制度要求提交相关材料并履行请假手续。
2. 审批与记录：公司应对员工的病假申请进行审批，并做好记录。审批过程中，应充分考虑员工的实际情况和病情严重程度，确保审批结果公正合理。

三、保障员工权益与人文关怀

1. 保障休病假权利：在员工提交真实、合法、有效的病假证明后，公司应充分保障其休病假的权利，不得无故拒绝或克扣工资。
2. 体现人文关怀：对于因痛经等特殊情况需要请假的员工，公司可以在制度允许的范围内给予一定的关怀和支持，如提供必要的帮助、调整工作任务等。

四、处理虚假请假与旷工行为

1. 明确后果：公司应在规章制度中明确规定，如果员工提交虚假病假证明或未经批准擅自离岗，将视为旷工行为，并依据公司制度进行相应处理。
2. 严肃处理：对于确实存在虚假请假或旷工行为的员工，公司应依据规章制度进行严肃处理，以维护公司的正常秩序和劳动纪律。

五、具体操作建议

1. 与员工沟通：当员工提出以痛经理由请假时，公司应首先与员工进行沟通，了解其具体情况和需求。
2. 审核材料：要求员工提交正规医疗机构出具的诊断证明书或病假证明书，并进行审核。
3. 审批决定：根据审核结果和公司制度，做出是否批准病假的决定，并及时告知员工。
4. 后续跟进：在员工休病假期间，公司可以适时进行跟进，了解其病情恢复情况，并在员工返岗后进行必要的关怀和支持。

综上所述，当员工以痛经理由请假时，公司应核实请假理由的真实性、遵循公司规章制度、保障员工权益与人文关怀、处理虚假请假与旷工行为，并给出具体的操作建议。这样既能维护公司的正常秩序和劳动纪律，又能体现对员工的关怀和支持。