针对员工不合理请假的问题，这确实是一个需要细致处理且关乎公司规章制度与员工权益平衡的重要议题。以下是我为您提供的详细处理建议：
首先，我们需要明确的是，员工请假应遵循公司既定的规章制度，这是维护公司正常运营秩序和保障员工权益的基础。当员工出现不合理请假的情况时，我们可以从以下几个方面进行考虑和处理：
一、区分请假手续的程序性与实体性规定
程序性规定：如员工延迟提交病假单、没有事先填写病假申请单、没有提交附属材料等，这些属于请假手续的程序性规定。对于这类情况，用人单位不能因此剥夺员工请病假的实体权利，但可以依法制订相应的规章制度，明确违反请假手续的，给予适当的处罚，如警告、扣分等，以起到警示作用。
实体性规定：如员工不提交病假单等认定病假的依据，这些属于请假手续的实体性规定。对于这类情况，用人单位可以不认病假，并及时催告员工补办病假手续。若员工无正当理由未予补办，可作旷工处理。
二、旷工处理与规章制度执行
旷工认定：旷工达到了一定的天数，单位可按规章制度认定其属于严重违规。这要求公司在规章制度中明确旷工的定义、天数以及相应的处理措施。
规章制度执行：构成严重违规的，单位可依据《劳动合同法》第三十九条第二款，即严重违反用人单位的规章制度，解除劳动关系。但在此之前，公司应确保规章制度已经过民主程序制定，且已向员工公示或告知，以确保其合法性和有效性。
三、特殊情况处理
弄虚作假请病假：对于弄虚作假请病假或病假期间在外兼职或者外出旅游的，这不仅属于旷工，而且属于严重违反诚实信用的行为。单位可在规章制度中明确，按严重违规处理，甚至可以解除劳动合同。
员工不知情或误解：在处理员工不合理请假时，也应考虑员工是否对公司规章制度存在不知情或误解的情况。若员工确实不知情或误解，公司应给予解释和指导，避免因误解而产生不必要的纠纷。
四、实际案例参考
以曲某的案例为例，曲某在病假初期按公司规定履行了请假手续，但后期未再按流程履行，仅邮寄建议休息单并擅自不到岗上班。公司两次催告无果后，以旷工为由解除了劳动合同。劳动人事争议仲裁委员会裁决支持了公司的决定，这表明在员工违反请假制度且经催告无果的情况下，公司有权依据规章制度进行处理。
五、建议与总结
完善规章制度：公司应不断完善请假制度，明确请假流程、所需材料以及违规处理措施，确保制度的合法性和有效性。
加强沟通与培训：公司应加强对员工的规章制度培训，确保员工了解并遵守请假制度。同时，在处理员工不合理请假时，也应加强与员工的沟通，了解其实际情况和需求，寻求合理的解决方案。
依法处理：在处理员工不合理请假时，公司应依法进行，确保处理措施的合法性和合理性。避免因处理不当而引发劳动争议或法律纠纷。
综上所述，处理员工不合理请假需要公司综合考虑多方面因素，包括请假手续的程序性与实体性规定、旷工处理与规章制度执行、特殊情况处理以及实际案例参考等。通过完善规章制度、加强沟通与培训以及依法处理等措施，公司可以更好地维护自身运营秩序和保障员工权益。