双方约定侵占村集体土地建房的协议是无效的。以下从多个角度进行分析：
法律角度
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让，但必须符合法定条件和程序。侵占村集体土地建房，显然违反了这一强制性规定。
- 协议内容如果涉及非法侵占土地，那么该协议因违反法律强制性规定而无效。这是基于法律对土地管理和保护的基本原则，任何违反这些原则的协议都不受法律保护。
损害公共利益：
- 村集体土地属于全体村民共有，侵占村集体土地建房不仅损害了村集体的利益，也损害了其他村民的合法权益。这种行为破坏了土地资源的合理利用和公共秩序，因此协议无效。
- 法律保护的是合法、正当的利益，对于损害公共利益的行为，法律不仅不予保护，还会对违法行为进行制裁。
实践角度
协议履行不可能：
- 即使双方签订了侵占村集体土地建房的协议，由于该行为本身违法，协议也无法得到实际履行。一旦被发现，相关部门会依法进行查处，要求拆除违法建筑，恢复土地原状。
- 在这种情况下，协议双方不仅无法实现建房的目的，还可能面临法律责任和经济损失。
法律后果严重：
- 侵占村集体土地建房不仅可能导致协议无效，还可能引发一系列法律后果。例如，相关部门可以对违法行为人处以罚款、没收违法所得等行政处罚；如果情节严重，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
- 因此，从实践角度来看，签订这样的协议是极其不明智的，不仅无法达到预期目的，还可能带来严重的法律后果。
建议
- 遵守法律法规：在涉及土地使用和房产建设时，务必遵守相关法律法规和政策规定，确保行为的合法性和正当性。
- 咨询专业律师：在签订任何与土地、房产相关的协议前，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。
- 维护公共利益：在追求个人利益的同时，也要尊重和维护公共利益，避免损害他人和集体的合法权益。