结论：两个药店虽为同一人投资但非同一经营主体时，能否相互调换药品需分情况讨论，主要取决于是否涉及药品经营许可范围、是否违反药品管理法规以及是否存在其他违法行为。

1. 药品经营许可与调换行为的合法性

• 药品经营许可：根据《中华人民共和国药品管理法》及相关规定，药品经营企业必须取得药品经营许可证，并按照许可证规定的范围、方式和地点经营药品。这意味着，每个药店作为独立的经营主体，其药品的采购、销售、调换等行为均需在其药品经营许可证的范围内进行。
• 调换行为的合法性：若两个药店虽为同一人投资，但各自拥有独立的药品经营许可证，且调换药品的行为不超出各自许可证的范围，同时符合药品管理法规的其他要求（如药品质量、来源合法等），则理论上这种调换行为可能是合法的。然而，实际操作中还需考虑药品的特殊性，如特殊管理药品（如麻醉药品、精神药品等）的调换可能受到更严格的限制。

2. 违反药品管理法规的后果

• 无证经营或超范围经营：若调换药品的行为导致药店超出其药品经营许可证的范围进行经营，或未取得药品经营许可证而擅自经营药品，则可能构成无证经营或超范围经营，将面临药品监督管理部门的行政处罚，包括罚款、没收违法所得、吊销药品经营许可证等。
• 药品质量与安全：若调换的药品存在质量问题或安全隐患，如假药、劣药等，则不仅可能面临行政处罚，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

3. 其他可能的违法行为

• 税务问题：若调换药品的行为涉及税务问题，如未按规定开具发票、偷逃税款等，则可能面临税务部门的处罚。
• 不正当竞争：若调换药品的行为构成不正当竞争，如通过调换药品来排挤竞争对手、垄断市场等，则可能面临反不正当竞争法的制裁。

建议：

• 合规经营：药店应严格遵守药品管理法规，确保药品的采购、销售、调换等行为均在其药品经营许可证的范围内进行，并符合药品质量、来源合法等要求。
• 咨询专业意见：在进行药品调换等复杂经营行为前，建议咨询专业律师或药品监管部门的意见，以确保行为的合法性和合规性。
• 加强内部管理：药店应加强内部管理，建立完善的药品管理制度和流程，确保药品的质量和安全，避免因管理不善而引发的法律风险。

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