结论前置：在联合体协议书中，若落款要求签字而牵头单位仅盖法人章，该协议的法律效力可能存在瑕疵，但并非绝对无效，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：
一、从合同形式要件角度分析
签字与盖章的法律意义：
- 签字是行为人亲自表达意愿的一种方式，具有直接性和明确性。
- 盖章，尤其是法人章，代表法人的意志，但需确保盖章行为是法人真实意思的表示，且盖章人具有相应的权限。
合同形式要件的要求：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
- 若联合体协议书明确要求落款处需签字，而牵头单位仅盖法人章，这可能不符合协议书约定的形式要件。
二、从合同实际履行角度分析
合同实际履行的影响：
- 即使合同形式上存在瑕疵，但如果合同已经实际履行，且各方对合同内容无异议，那么该合同仍然可能被认定为有效。
- 在联合体协议中，如果牵头单位已经按照协议书的约定履行了相关义务，且其他成员单位也接受了这些履行，那么该协议书可能仍然具有法律效力。
证据的收集与保存：
- 在这种情况下，各方应收集并保存好合同实际履行的相关证据，如履行凭证、沟通记录等，以备不时之需。
三、从法律风险与防范角度分析
法律风险：
- 牵头单位仅盖法人章而未签字，可能引发关于合同真实性和有效性的争议。
- 在发生纠纷时，这种形式上的瑕疵可能成为对方攻击的点，增加诉讼或仲裁的风险。
风险防范建议：
- 完善合同形式：在签订联合体协议书时，应严格按照协议书的要求进行签字和盖章，确保合同形式上的完备性。
- 明确各方权利义务：在协议书中明确各方的权利义务，以及违约责任和争议解决方式，以减少纠纷的发生。
- 保留相关证据：在合同履行过程中，应保留好相关证据，以备不时之需。
四、特殊情况下的考虑
- 法人章的授权与使用：如果牵头单位能够证明盖章行为是法人真实意思的表示，且盖章人具有相应的权限，那么该盖章行为可能被视为有效。但这种情况下，牵头单位需要承担举证责任。
- 协议书的修改与补充：如果各方对协议书的形式要件存在争议，可以考虑通过修改或补充协议书的方式来解决。例如，可以在协议书中增加一条关于“若牵头单位因特殊原因无法签字，可盖法人章代替”的条款。
总结与建议：在联合体协议书中，若落款要求签字而牵头单位仅盖法人章，该协议的法律效力可能存在瑕疵。为了降低法律风险，建议各方在签订协议书时严格按照要求进行签字和盖章，并明确各方的权利义务和违约责任。如果已经发生了这种情况，建议各方尽快协商并采取措施进行补救，如通过修改或补充协议书、保留相关证据等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。