联合体协议书中要求法人签字但没有签字，而是盖了法人章，协议在一般情况下是有效的，但也存在特殊情况下可能无效的风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况下的有效性
法理依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六十一条，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。这意味着，法人章作为法人的象征，其加盖行为通常也被视为法人的行为，对法人产生法律约束力。
- 同时，《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，签字和盖章都是合同成立的合法方式，二者并非必须同时具备。
具体解释：
- 在商业实践中，法人章的加盖往往被视为法人对协议内容的认可和承诺，与法人签字具有同等的法律效力。因此，即使协议中没有法人签字，而是盖了法人章，协议一般也是有效的。
- 当然，这要求法人章是真实有效的，且加盖行为是法人或其授权代表所为。如果法人章是伪造的或未经授权加盖的，那么协议可能无效。
二、特殊情况下的可能无效性
协议有特别约定：
- 如果联合体协议书中明确约定了“必须法人签字才生效”或类似条款，那么在没有法人签字的情况下，仅盖法人章可能无法使协议生效。
- 这种约定体现了双方对合同生效条件的特别约定，应当遵循当事人的意思自治原则。
法人章加盖行为存在瑕疵：
- 如果法人章的加盖行为存在瑕疵，如加盖的是伪造或变造的法人章、加盖行为未经法人授权等，那么协议可能因法人章的无效而无效。
- 此外，如果加盖法人章的行为存在欺诈、胁迫等情形，也可能影响协议的效力。
三、存在的风险及应对建议
存在的风险：
- 对方可能以未签字为由主张协议无效或存在瑕疵，给协议的履行带来麻烦和争议。
- 如果协议中明确约定了必须法人签字才生效，而仅有法人章，则协议可能无法生效，导致双方预期的法律效果无法实现。
应对建议：
- 完善协议条款：在签订联合体协议书时，双方可以明确约定签字和盖章具有同等的法律效力，或者明确约定在何种情况下协议生效（如只要加盖法人章即生效）。
- 确保法人章的真实性和有效性：在加盖法人章前，应确认法人章的真实性和有效性，避免使用伪造或变造的法人章。
- 保留相关证据：在签订协议过程中，应保留好与协议签订相关的所有证据，如沟通记录、授权文件等，以备不时之需。
- 及时咨询专业律师：如果在协议签订或履行过程中遇到任何法律问题或争议，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。
总结来说，虽然联合体协议书中要求法人签字但没有签字而是盖了法人章在一般情况下是有效的，但为了避免潜在的风险和争议，双方应谨慎处理签字和盖章问题。如果对协议的效力存在疑虑或遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。