招标人完全有权在招标文件中约定是否接受联合体协议，且这一做法在法律上是被允许的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与自主性
根据《中华人民共和国招标投标法》第三十一条及《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十七条第一款的规定，招标人具有自主决定是否接受联合体投标的权利。法律并未强制要求招标人必须接受联合体投标，反而强调了招标人的自主选择权。这意味着，招标人可以根据项目的特点和实际需求，在招标文件中明确规定是否接受联合体投标。
二、项目需求与管理考虑
项目复杂性与专业性：对于技术复杂、协同要求高或需要高度专业化技能的项目，招标人可能倾向于不接受联合体投标。这是因为联合体投标涉及多个主体，可能增加沟通不畅、协调困难及责任划分不清的风险，从而影响项目的顺利实施和整体质量。然而，如果招标人认为联合体能够提供更全面的解决方案和更强的实施能力，也可以选择接受联合体投标。
管理与监督的便捷性：联合体投标涉及多个主体，增加了合同管理的复杂性和监督考核的难度。招标人为简化管理流程、降低管理成本，可能选择不接受联合体投标，以便与单一责任主体进行直接沟通和监督。但这也并非绝对，如果招标人认为联合体投标能够带来更好的管理效果，也可以选择接受。
特殊需求与偏好：招标人若已有长期合作的特定供应商，或出于风险控制和管理效率的考虑，可能更倾向于选择这些供应商单独完成项目，而不愿意接受联合体投标。这种选择是基于招标人的实际需求和偏好，也是法律所允许的。
三、实际操作建议
明确载明于招标文件：无论招标人决定接受还是不接受联合体投标，都必须在招标文件的“投标人资格要求”或“投标须知”等章节中明确清晰地载明这一要求。这是确保所有潜在投标人都能知晓并遵守该规则的重要步骤。
投标人的应对：投标人需仔细阅读招标文件，了解招标人是否接受联合体投标的要求。如果招标人接受联合体投标，投标人可以按照招标文件的要求组成联合体并提交投标文件；如果招标人不接受联合体投标，投标人则应以单体形式参与投标，或选择其他符合招标要求的投标方式。
四、案例分析
以（2019）吉24行终82号案例为例，敦化市运管所在其发布的《招标公告》中明确规定了“不接受联合体投标”。法院认为，敦化市运管所的做法符合法律法规，且已事先公告，因此拒绝了顺达公司关于拒绝联合体投标侵害其合法权益的主张。此案例进一步印证了招标人在是否接受联合体投标方面的自主权及明确载明的必要性。
总结来说，招标人在招标文件中约定是否接受联合体协议是合法的，且这一决策应基于项目需求、管理便捷性及法律法规的允许。如果您在招标过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。