施工单位在保障自身权益时，可以依托多个部门和机制，主要包括内部部门设置、外部监管机构以及法律救济途径，以下为你详细介绍：
内部部门设置
合同管理部门：
- 功能：负责合同的起草、审核、签订、履行及归档管理。通过严格的合同管理，确保合同条款明确、合法，减少因合同条款不清或违法而引发的纠纷。
- 建议：施工单位应设立专门的合同管理部门或岗位，配备专业的合同管理人员，对合同进行全程跟踪管理，确保合同的有效执行。
法务部门或法律顾问：
- 功能：提供法律咨询、法律风险评估、法律文件审核等服务。在合同签订前，对合同条款进行法律审查，确保合同内容合法合规；在合同履行过程中，提供法律支持，解决合同纠纷。
- 建议：施工单位应设立法务部门或聘请法律顾问，为企业的日常运营和合同管理提供法律保障。
工程管理部门：
- 功能：负责工程项目的进度、质量、安全等方面的管理。通过有效的工程管理，确保工程按时按质完成，减少因工程延期或质量问题而引发的纠纷。
- 建议：工程管理部门应加强与合同管理部门的沟通协作，确保工程进度与合同条款相符，及时处理工程变更和索赔事宜。
外部监管机构
建设行政主管部门：
- 功能：负责建设工程的行业管理，包括工程招投标、施工许可、质量监督、安全监管等方面。施工单位应遵守相关法律法规和行业规范，接受建设行政主管部门的监管。
- 建议：施工单位应主动了解并遵守建设行政主管部门的各项规定，积极配合监管工作，确保工程合法合规进行。
劳动保障部门：
- 功能：负责劳动保障监察，包括劳动合同签订、工资支付、社会保险缴纳等方面。施工单位应依法与劳动者签订劳动合同，按时足额支付工资，缴纳社会保险费。
- 建议：施工单位应加强与劳动保障部门的沟通协作，确保劳动保障权益得到保障，减少因劳动纠纷而引发的法律风险。
法律救济途径
协商和解：
- 功能：在合同纠纷发生后，施工单位可以与对方进行协商，寻求和解方案。协商和解具有灵活性和高效性，可以快速解决纠纷，减少损失。
- 建议：施工单位在协商和解过程中，应保持冷静理性，明确自身权益和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
调解：
- 功能：如果协商和解无果，施工单位可以寻求第三方调解机构的帮助，如人民调解委员会、行业调解组织等。调解机构可以提供中立的调解服务，帮助双方达成调解协议。
- 建议：施工单位在选择调解机构时，应了解其调解规则和调解员资质，确保调解过程的公正性和有效性。
仲裁或诉讼：
- 功能：如果调解无果或双方不愿调解，施工单位可以选择仲裁或诉讼途径解决纠纷。仲裁具有一裁终局的特点，效率较高；诉讼则具有强制执行力，可以确保判决得到有效执行。
- 建议：施工单位在选择仲裁或诉讼途径时，应了解相关法律法规和程序规定，准备充分的证据材料，确保自身权益得到有效维护。
施工单位在保障自身权益时，应充分利用内部部门设置、外部监管机构以及法律救济途径等多方面的资源和机制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。