施工单位发生事故，通常由应急管理部门、建设行政主管部门以及可能涉及的其他相关部门根据事故性质和严重程度进行处理。以下是对这一问题的详细分析：

1. 应急管理部门：

   • 职责：应急管理部门是负责安全生产监督管理的核心部门，对于施工单位发生的安全生产事故，应急管理部门会牵头进行事故调查、原因分析、责任认定，并依法对责任单位和个人进行处罚。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规，应急管理部门在安全生产事故处理中扮演着重要角色。

2. 建设行政主管部门：

   • 职责：建设行政主管部门（如住房和城乡建设部门）负责建筑市场的监管，包括施工单位的资质管理、施工过程的监督等。在施工单位发生事故时，建设行政主管部门会参与事故调查，特别是针对施工过程中的违规行为进行查处，并可能根据事故情况对施工单位的资质进行相应处理。
   • 法律依据：依据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，建设行政主管部门在建筑领域的安全生产事故处理中具有重要职责。

3. 其他相关部门：

   • 可能涉及的部门：根据事故的具体性质和严重程度，还可能涉及公安、消防、环保、卫生等多个部门。例如，如果事故涉及火灾，消防部门会参与救援和事故调查；如果事故造成环境污染，环保部门会介入处理；如果事故导致人员伤亡，卫生部门会负责医疗救治和卫生防疫等工作。
   • 协作机制：在处理施工单位事故时，各部门之间会建立协作机制，共同开展事故调查、救援和后续处理工作，以确保事故得到妥善处理。

法律建议：

• 对于施工单位而言，一旦发生事故，应立即启动应急预案，组织救援，并同时向应急管理部门和建设行政主管部门报告。
• 施工单位应积极配合相关部门的调查工作，如实提供事故情况、相关资料和证据，以便相关部门能够准确查明事故原因，认定责任，并依法进行处理。
• 施工单位还应加强安全生产管理，完善安全生产制度，提高员工的安全意识和操作技能，以预防类似事故的再次发生。

如果您在施工单位事故处理方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。