施工合同纠纷的管辖部门主要分为法院和仲裁机构两类，具体由谁负责需根据合同约定和法律规定来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法院管辖
一般原则：
- 根据《民事诉讼法》的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地的人民法院管辖。在建设工程施工合同纠纷中，施工行为地通常被视为合同履行地。
约定管辖：
- 如果合同中已经约定了管辖法院，并且该约定符合法律规定（如不违反级别管辖和专属管辖的规定），那么纠纷应优先由约定的管辖法院处理。
实际案例：
- 假设一个建设工程施工合同纠纷，被告住所地为A市，施工行为地为B市。如果合同中没有约定管辖法院，那么原告可以选择向A市或B市的人民法院提起诉讼。
二、仲裁机构管辖
仲裁条款：
- 如果当事人在合同中约定了仲裁条款，并且该仲裁条款有效（如明确约定了仲裁机构、仲裁事项等），那么出现纠纷时应提交给约定的仲裁机构进行仲裁。
仲裁优势：
- 仲裁具有一裁终局、保密性强、效率较高等特点，对于希望快速解决纠纷、保护商业秘密的当事人来说，是一个不错的选择。
实际案例：
- 假设一个建设工程施工合同中约定了“因本合同产生的任何争议，均应提交至XX仲裁委员会进行仲裁”。那么，当合同发生纠纷时，当事人应直接向XX仲裁委员会申请仲裁，而不是向法院提起诉讼。
三、其他相关部门的角色
虽然施工合同纠纷主要由法院或仲裁机构管辖，但其他相关部门在合同履行过程中也扮演着重要角色。例如：
- 建设行政主管部门：负责施工合同的备案管理，加强对建筑工程施工活动的监督管理，保障工程质量和施工安全，维护建筑市场秩序。虽然它不直接管辖纠纷，但备案信息可能作为纠纷解决时的参考依据。
- 行业协会或调解组织：在某些情况下，行业协会或调解组织可能受当事人委托或法院指定，参与施工合同纠纷的调解工作。
四、建议与注意事项
明确约定管辖：
- 在签订施工合同时，建议当事人明确约定纠纷解决方式（诉讼或仲裁）以及管辖法院或仲裁机构，以减少后续纠纷解决的不确定性。
保留证据：
- 在合同履行过程中，当事人应妥善保留与合同相关的所有证据（如合同文本、往来函件、付款凭证等），以便在纠纷发生时能够充分证明自己的主张。
及时咨询专业律师：
- 如果遇到施工合同纠纷，建议当事人及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的纠纷解决策略。
如果您有具体的施工合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供有针对性的法律建议和解决方案。