关于“工程合同盖章哪个部门负责”的问题，这主要取决于公司内部的管理规定以及具体的合同类型。但一般来说，工程合同的盖章会涉及到以下几个部门和环节：

1. 公司行政事务部：

   • 根据《建筑工程项目部印章管理办法》，公司行政事务部通常负责印章的刻制、登记、印模备案以及管理台帐等工作。
   • 对于项目公章和项目技术资料专用章的启用、缴销，以及工程竣工后的保管和报废手续，也通常由公司行政事务部负责。

2. 项目部：

   • 项目部在工程合同签订过程中，可能会涉及到用印申请。项目管理人员需要填写“用印申请单”，并经过项目部条线主管签认后，送交项目部文件资料指定保管人。
   • 项目经理或项目经理转授人（如项目工程师）在复核用印资料无误后，会签认并加盖项目印章。

3. 分公司综合办：

   • 分公司综合办在项目印章的管理中也扮演着重要角色。例如，项目印章的领取、启用时的交接手续，以及工程竣工后项目印章的保管和用印需求，都可能需要分公司综合办的参与。

综上所述，工程合同的盖章并不是由单一部门负责的，而是涉及到公司行政事务部、项目部以及分公司综合办等多个部门和环节。具体哪个部门负责盖章，还需要根据公司内部的管理规定和具体的合同类型来确定。如果你在这方面有具体的疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。