结论：公益岗一年一签合同满两年后怀孕，第三年合同是否自动续签需分情况讨论，具体如下：

1. 合同约定优先
   若原合同中明确约定“合同期满后自动续签”或“满足特定条件（如连续工作满两年）后自动续签”，则第三年合同应按约定自动续签，怀孕不影响续签效力。此时用人单位不得以怀孕为由拒绝续签，否则涉嫌违反《妇女权益保障法》及《劳动合同法》中关于女职工特殊保护的规定。

2. 合同无自动续签条款
   若原合同未约定自动续签，则合同期满后终止，用人单位需重新与劳动者协商签订新合同。此时需注意：

   • 孕期保护原则：根据《劳动合同法》第42条，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得以“劳动合同期满”为由终止合同，合同应顺延至哺乳期结束（通常为婴儿满1周岁）。因此，即使原合同未约定续签，用人单位也需与劳动者继续履行合同至哺乳期结束，而非直接终止。
     
   • 续签协商权：若劳动者希望在哺乳期结束后继续工作，用人单位可与劳动者协商签订新合同，但不得因怀孕降低原合同条件（如工资、岗位等）。

3. 用人单位拒绝续签的违法性
   若用人单位在合同期满后，以“怀孕”为由拒绝续签或终止合同，劳动者可主张以下权利：

   • 要求继续履行合同至哺乳期结束；
     
   • 若用人单位坚持终止，劳动者可要求支付违法终止劳动合同的赔偿金（标准为经济补偿金的2倍，即每工作1年支付2个月工资）；
     
   • 向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护合法权益。

建议：

• 劳动者可先查阅原合同条款，确认是否有自动续签约定；
  
• 若合同无约定，保留孕期、产期、哺乳期的相关证明（如医疗记录），以备维权使用；
  
• 若用人单位存在违法行为，及时通过法律途径主张权利。
  

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