有限公司收购股东持有的本公司股权在特定情形下是合法的，但必须严格遵循相关法律法规和程序规定。以下是对此问题的详细分析：

一、合法收购的情形

1. 减少注册资本：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司为减少注册资本而收购股东股权是合法的。这通常发生在公司需要优化资本结构或调整经营战略时。公司需经过股东大会决议，并在收购完成后十日内注销所收购的股份。

2. 股东对特定决议持异议：

   • 当股东对股东大会作出的公司合并、分立等决议持异议时，有权要求公司收购其股权。这是保护少数股东权益的重要机制。公司需在六个月内转让或注销这些股份。

3. 公司章程或法律规定的其他情形：

   • 有限责任公司还可能存在其他特定情形下的股权收购，如公司连续五年盈利但未分配利润给股东、公司合并、分立或转让主要财产等。在这些情形下，投反对票的股东可以请求公司按合理价格收购其股权。

二、合法收购的程序要求

1. 内部决策程序：

   • 收购股权需经公司内部决策程序，如股东会或董事会的审议和表决。对于有限责任公司，通常需经代表三分之二以上表决权的股东通过（除非公司章程另有规定）。

2. 信息披露与通知：

   • 在收购过程中，公司应确保信息披露的充分性和准确性，特别是涉及上市公司的股权收购时，需严格按照《证券法》和证券交易所的规则履行信息披露义务。同时，对于有限责任公司的股权收购，应保障其他股东的优先购买权，避免损害其合法权益。

3. 股权变更登记：

   • 股权收购完成后，需依法办理股权变更登记手续，确保股权的合法转让。

三、违法收购的法律后果

若公司收购股东股权的行为违反了相关法律法规或程序规定，可能面临以下法律后果：

1. 收购行为无效：

   • 违法收购行为可能被认定为无效，导致收购方无法取得股权或需返还已取得的股权。

2. 承担赔偿责任：

   • 若违法收购行为给其他股东或公司造成损失，收购方需承担相应的赔偿责任。

3. 面临行政处罚或刑事责任：

   • 在严重情况下，违法收购行为可能构成犯罪，收购方需承担刑事责任。同时，监管部门也可能对违法收购行为进行行政处罚。

四、建议与注意事项

1. 咨询专业律师：

   • 在进行股权收购前，建议公司咨询专业律师，确保收购行为的合法性和合规性。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律意见和指导。

2. 完善内部决策程序：

   • 公司应完善内部决策程序，确保股权收购事项经过充分审议和表决，并保留相关记录以备查证。

3. 注意信息披露与通知义务：

   • 在收购过程中，公司应严格履行信息披露和通知义务，确保所有相关方都能及时了解收购进展和相关信息。

4. 办理股权变更登记手续：

   • 股权收购完成后，公司应及时办理股权变更登记手续，确保股权的合法转让和登记。

综上所述，有限公司收购股东持有的本公司股权在特定情形下是合法的，但必须严格遵循相关法律法规和程序规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。