超过认证期两天后认证成功，一般情况下不会影响工资的正常发放，但具体还需根据公司的规章制度以及实际情况来判断。以下从不同角度为你详细分析：
从公司规章制度角度
规章制度明确规定认证期与工资发放挂钩：
- 如果公司有明确的规章制度，规定员工必须在特定的认证期内完成认证，否则将影响工资的发放（例如扣除部分工资、延迟发放等），那么即使你超过认证期两天后认证成功，公司也可能依据规章制度对你进行相应的处理。不过，这种规章制度必须合理合法，且经过民主程序制定并公示，否则可能不具备法律效力。
- 示例：公司规定员工每月需在5号前完成考勤认证，未按时完成认证的，当月工资将延迟至下月15号发放。若你超过5号两天后，即7号完成认证，公司若依据此规定延迟发放工资，从规章制度层面看是有依据的。但若该规定未经过民主程序制定或未公示，你有权要求公司正常发放工资。
规章制度未明确规定认证期与工资发放挂钩：
- 如果公司的规章制度中并未明确规定认证期与工资发放之间的直接关系，那么超过认证期两天后认证成功，一般不应影响工资的正常发放。公司应按照劳动合同约定的时间和方式向你支付工资。
从实际操作角度
公司出于管理便利考虑：
- 即使规章制度未明确规定，公司也可能出于管理便利的考虑，对超过认证期的员工采取一定的措施，如要求说明原因、进行口头警告等，但一般不应直接影响工资的发放。若公司以此为由扣减工资或延迟发放，你可以与公司沟通协商，要求公司说明合理理由并提供相应依据。
特殊情况下的处理：
- 如果因你超过认证期导致公司遭受了实际损失（如因无法及时统计考勤而多支付了其他员工的工资等），公司可能要求你承担相应的赔偿责任。但这种情况需要公司能够证明损失的存在以及损失与你超过认证期之间的因果关系。
- 示例：因你未按时认证，公司无法及时统计考勤，导致多支付了某员工一天的工资。若公司能够证明这一点，并要求你承担这部分损失，从法律角度看是有一定道理的。但公司应通过合法途径（如与你协商、提起民事诉讼等）来主张权利，而不能直接扣减你的工资。
法律建议
- 查看公司规章制度：首先查看公司的规章制度中是否有关于认证期与工资发放的规定，以及这些规定是否合法合理。
- 与公司沟通协商：如果公司以此为由影响你的工资发放，你可以与公司进行沟通协商，要求公司说明理由并提供相应依据。
- 寻求法律援助：如果公司无正当理由扣减你的工资或延迟发放，你可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁申请，维护自己的合法权益。
总结来说，超过认证期两天后认证成功是否会影响工资发放，需根据公司的规章制度以及实际情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。