民事二审中，证据清单确实可以主要针对判决书程序违法和事实不清的问题进行提交。以下是对这一问题的详细分析：
一、程序违法与事实不清的二审证据提交
在民事二审中，如果当事人认为一审判决存在程序违法或事实不清的情况，那么在提交证据清单时，可以重点围绕这两个方面进行。程序违法可能涉及审判组织的组成不合法、违反法定程序审理案件、审判人员在审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为等。而事实不清则可能涉及一审法院对案件事实的认定存在错误或遗漏，导致判决结果不公。
二、证据清单的准备要点
针对程序违法：
- 收集相关证据：如庭审记录、审判人员行为记录、相关法律文书等，以证明一审程序存在违法之处。
- 明确违法点：在证据清单中明确指出一审程序违法的具体点，如审判组织组成不合法、违反法定程序审理等，并附上相关证据。
针对事实不清：
- 补充新证据：如果一审中遗漏了关键证据，二审中应补充提交，以证明一审法院对案件事实的认定存在错误。
- 反驳一审证据：对一审中提交的证据进行反驳，提出相反证据或理由，以证明一审法院对案件事实的认定不准确。
- 明确事实争议点：在证据清单中明确指出一审法院对哪些事实的认定存在争议，并附上相关证据和理由。
三、证据清单的提交与审理
- 提交时间：根据二审法院的要求，在规定的时间内提交证据清单及相关证据。
- 审理过程：二审法院会对当事人提交的证据进行审查，并结合一审法院的审理情况，对案件进行全面审理。如果二审法院认为一审判决存在程序违法或事实不清的情况，可能会裁定撤销原判，发回重审或直接改判。
四、法律建议
- 充分准备证据：在二审中，证据的充分性和准确性至关重要。因此，当事人应尽可能收集全面、准确的证据，以支持自己的主张。
- 明确诉求与理由：在提交证据清单时，应明确自己的诉求和理由，以便二审法院能够清晰了解当事人的主张和依据。
- 寻求专业帮助：如果当事人对法律程序或证据提交存在疑问，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
如有任何关于民事二审证据提交或相关法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。