检察院会通过补充侦查、审查证据合法性及充分性、运用技术手段复核、听取犯罪嫌疑人及辩护人意见等方式处理犯罪金额不符且嫌疑人不认的情况。具体如下：

1. 补充侦查：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在审查起诉阶段，如果发现案件事实不清、证据不足，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。针对犯罪金额不符的情况，检察院可能会要求公安机关补充收集与犯罪金额相关的证据，如交易记录、财务账目、证人证言等，以进一步查清事实。
2. 审查证据的合法性与充分性：检察院会严格审查现有证据的合法性和充分性。如果犯罪嫌疑人不认可犯罪金额，检察院会重点审查指控该金额的证据是否确实、充分，是否排除了合理怀疑。如果证据存在瑕疵或不足，检察院可能会要求公安机关补充证据或作出合理解释。
3. 运用技术手段进行复核：对于涉及财务、金融等复杂领域的犯罪金额认定，检察院可能会借助专业机构或技术手段进行复核。例如，委托会计师事务所对财务账目进行审计，或利用大数据分析技术对交易记录进行比对分析，以确保犯罪金额的准确性。
4. 听取犯罪嫌疑人及辩护人的意见：在审查起诉过程中，检察院会依法保障犯罪嫌疑人的诉讼权利，包括听取其陈述和辩解，以及听取辩护人的意见。如果犯罪嫌疑人对犯罪金额提出异议，检察院会认真审查其异议的合理性，并结合其他证据进行综合判断。
5. 作出起诉或不起诉决定：经过上述程序后，检察院会根据审查结果作出起诉或不起诉的决定。如果认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，犯罪金额认定无误，检察院将依法向法院提起公诉；如果认为证据不足或存在其他问题，检察院可能会作出不起诉决定或要求公安机关继续补充侦查。

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