结论前置：在单位补缴社保但款项未到账的情况下，是否可以直接起诉需分情况讨论，具体如下：

1. 若以单位未履行补缴义务为由提起行政诉讼
   根据《社会保险法》第六十三条，用人单位未按时足额缴纳社保费的，社保征收机构可责令其限期缴纳或补足。若单位已按社保部门要求提交补缴申请并完成缴费流程（如申报、核定等），但因银行系统延迟等原因导致款项未到账，此时社保征收机构可能已视为单位完成义务，行政诉讼可能因缺乏“行政行为违法”的客观事实而不被支持。
   建议：先向社保部门查询补缴进度，确认单位是否已履行申报、核定等法定义务。若单位未完成上述流程，可要求社保部门责令其补缴；若社保部门不作为，可对其提起行政诉讼。

2. 若以单位未实际缴纳社保导致权益受损为由提起民事诉讼
   根据《劳动合同法》第三十八条，用人单位未依法为劳动者缴纳社保费的，劳动者可解除合同并主张经济补偿。但“未缴纳”需以社保部门记录为准，若单位已申报但款项未到账，可能被认定为“已启动补缴程序”，民事诉讼中可能面临举证困难。
   建议：收集单位未实际缴纳的证据（如社保查询记录、工资条扣款记录等），证明单位未完成补缴义务，再主张经济补偿或要求单位继续履行补缴义务。

3. 若以社保部门未及时到账为由提起行政诉讼
   社保款项到账时间涉及银行系统、财务流程等，通常不属于社保部门的行政行为范畴。若社保部门已核定补缴金额并完成申报，但因第三方原因导致延迟，起诉社保部门可能因缺乏直接因果关系而不被支持。
   建议：优先与单位、社保部门沟通，要求其协调银行加速处理；若因延迟导致实际损失（如医疗费无法报销），可尝试以“侵权”为由起诉责任方（如银行或单位），但需证明损失与延迟的直接关联。

综合建议：

• 第一步：向社保部门查询补缴进度，确认单位是否已履行申报、核定等义务，以及款项未到账的具体原因（如单位未缴费、银行延迟等）。
  
• 第二步：根据查询结果选择路径：若单位未履行义务，可要求社保部门责令补缴或提起行政诉讼；若单位已履行但未到账，可尝试民事诉讼主张权益或协调解决；若因第三方原因导致损失，可评估是否构成侵权。
  
• 第三步：保留所有证据（如社保记录、沟通记录、工资条等），以便在诉讼中支持主张。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询社保法、劳动法相关问题。