结论：行政行为未被确认违法时，申请赔偿的期间一般不能直接扣除，但具体是否扣除及如何扣除需结合实际情况，依据相关法律法规和司法实践进行判断。以下从不同角度进行详细分析：

一、行政赔偿的基本前提

行政赔偿是指行政机关及其工作人员在行使行政职权时，因违法侵犯公民、法人或其他组织的合法权益而造成损害，由国家承担的赔偿责任。行政赔偿的前提是行政行为的违法性。如果行政行为未被确认违法，那么从法律逻辑上讲，就不存在行政赔偿的基础。

二、申请赔偿期间的性质

申请赔偿期间，通常指的是受害人向赔偿义务机关提出赔偿请求的期限。这个期限的设置，是为了保障受害人及时行使权利，同时也便于赔偿义务机关及时处理赔偿事宜，维护社会秩序的稳定。在行政行为未被确认违法的情况下，申请赔偿的期间一般并不直接涉及扣除问题，因为此时赔偿请求本身可能因缺乏违法性前提而难以成立。

三、特殊情况下的扣除问题

尽管行政行为未被确认违法时申请赔偿的期间一般不直接扣除，但在某些特殊情况下，如受害人因不可抗力或其他正当理由无法及时提出赔偿请求时，可能会根据相关法律法规的规定，对申请赔偿的期间进行适当扣除或延长。例如，如果受害人因疾病、自然灾害等不可抗力因素无法及时行使权利，且能够提供相应证据证明的，那么其申请赔偿的期间可能会得到法律上的宽限。

四、司法实践中的处理

在司法实践中，对于行政行为未被确认违法时申请赔偿的期间问题，法院通常会根据具体案情和法律法规的规定进行综合判断。如果受害人能够证明其未及时提出赔偿请求是由于不可抗力或其他正当理由造成的，且该理由与行政行为的违法性无直接关联，那么法院可能会考虑对申请赔偿的期间进行适当调整。然而，这种调整并非自动发生，而是需要受害人主动提出申请，并提供充分证据加以证明。

五、建议与提示

1. 及时确认行政行为的违法性：如果您认为行政行为侵犯了您的合法权益，并希望获得行政赔偿，那么首先应当通过行政复议或行政诉讼等途径确认该行政行为的违法性。
2. 注意申请赔偿的期限：在行政行为被确认违法后，您应当及时向赔偿义务机关提出赔偿请求，并注意遵守相关法律法规规定的申请赔偿期限。
3. 保留相关证据：在申请赔偿过程中，您应当保留好与行政行为违法性、损害结果以及申请赔偿期间相关的所有证据，以便在需要时提供证明。

如果您在行政赔偿方面遇到任何问题或困惑，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。