结论先行：员工自离后，若两个月工资都不够扣，这通常涉及到公司扣款合法性及工资支付的问题。首先，要明确公司扣款的合法性；其次，了解工资支付的相关规定；最后，根据具体情况采取相应的法律措施。
一、公司扣款的合法性
合法扣款情形：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：若员工因疏忽导致公司损失10000元，且劳动合同中有相关赔偿约定，公司可从员工工资中扣除赔偿，但每月扣除额不得超过员工当月工资的20%。若员工月工资为5000元，则每月最多扣除1000元，直至赔偿完毕。
非法扣款情形：
- 若公司扣款超出上述法定范围，如扣除比例过高或扣除后工资低于最低工资标准，则属于非法扣款。
- 举例：若员工月工资为3000元，公司因某原因扣除2000元，导致员工当月工资仅为1000元，低于当地最低工资标准，则此扣款行为非法。
二、工资支付的相关规定
- 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 解读：即使员工自离，公司也应按照法律规定支付其应得的工资，不得因员工离职而拒绝支付或非法扣款。
三、采取相应的法律措施
与公司协商：
- 员工可首先与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付工资并停止非法扣款。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理公司的违法行为。
申请劳动仲裁：
- 员工还可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
- 计算公式（若申请赔偿金）：赔偿金 = 拖欠工资总额 × 赔偿比例（通常根据具体情况由仲裁委员会裁定，但一般不超过拖欠工资总额的50%）。
- 举例：若公司拖欠员工工资共计6000元，且仲裁委员会裁定赔偿比例为30%，则员工可获得的赔偿金为1800元。
提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满，员工还可向法院提起诉讼，要求公司承担法律责任。
特别提醒：在处理此类问题时，员工应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、扣款通知等，以便在协商、投诉、仲裁或诉讼过程中证明自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。